pycom03g03870

Belongs to the AAA ATPase family

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
pyrus_communis
Chr3
N/A
Physical Location & Seq
Forward (+)
3069742 .. 3070803
1062 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
N/A

Sequence Viewer

Length: 285 bp
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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
AAA

Protein Analysis

95

Amino Acids

10.84

Weight (kDa)

8.55

Isoelectric Point (pI)

30.84

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Orthologous Genes

No orthologs found for this gene in the current database.

Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AcsI RAATTY 2 cut(s) 173, 267
AfaI GTAC 1 cut(s) 15
AgsI TTSAA 2 cut(s) 153, 194
ApoI RAATTY 2 cut(s) 173, 267
AsuII TTCGAA 1 cut(s) 233
BglII AGATCT 1 cut(s) 155
BmsI GCATC 1 cut(s) 105
Bpu14I TTCGAA 1 cut(s) 233
BsaBI GATNNNNATC 1 cut(s) 245
Bse8I GATNNNNATC 1 cut(s) 245
BseGI GGATG 2 cut(s) 120, 246
BseJI GATNNNNATC 1 cut(s) 245
BseMII CTCAG 1 cut(s) 125
BslFI GGGAC 1 cut(s) 176
BsmFI GGGAC 1 cut(s) 176
BsmI GAATGC 1 cut(s) 51
Bsp119I TTCGAA 1 cut(s) 233
Bsp1407I TGTACA 1 cut(s) 13
Bsp143I GATC 1 cut(s) 155
BspCNI CTCAG 1 cut(s) 126
BspT104I TTCGAA 1 cut(s) 233
BsrGI TGTACA 1 cut(s) 13
BssMI GATC 1 cut(s) 155
BstAUI TGTACA 1 cut(s) 13
BstBI TTCGAA 1 cut(s) 233
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 51
BstDEI CTNAG 1 cut(s) 134
BstF5I GGATG 2 cut(s) 120, 246
BstKTI GATC 1 cut(s) 158
BstMBI GATC 1 cut(s) 155
BstNSI RCATGY 1 cut(s) 53
BstX2I RGATCY 1 cut(s) 155
BstYI RGATCY 1 cut(s) 155
BtsCI GGATG 2 cut(s) 120, 246
BtsIMutI CAGTG 1 cut(s) 184
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 51
Csp6I GTAC 1 cut(s) 14
CviAII CATG 1 cut(s) 50
CviQI GTAC 1 cut(s) 14
DdeI CTNAG 1 cut(s) 134
DpnI GATC 1 cut(s) 157
DpnII GATC 1 cut(s) 155
EcoRI GAATTC 1 cut(s) 173
EcoT22I ATGCAT 1 cut(s) 51
FaeI CATG 1 cut(s) 53
FaiI YATR 6 cut(s) 29, 31, 51, 72, 77, 229
FaqI GGGAC 1 cut(s) 176
FatI CATG 1 cut(s) 49
FokI GGATG 2 cut(s) 127, 233
Hin1II CATG 1 cut(s) 53
HinfI GANTC 1 cut(s) 64
Hpy188III TCNNGA 5 cut(s) 35, 112, 153, 207, 250
HpyAV CCTTC 1 cut(s) 91
HpyCH4V TGCA 4 cut(s) 49, 53, 129, 199
HpyF3I CTNAG 1 cut(s) 134
Hsp92II CATG 1 cut(s) 53
Kzo9I GATC 1 cut(s) 155
LpnPI CCDG 2 cut(s) 27, 97
LweI GCATC 1 cut(s) 105
MalI GATC 1 cut(s) 157
MboI GATC 1 cut(s) 155
MboII GAAGA 1 cut(s) 73
MflI RGATCY 1 cut(s) 155
MluCI AATT 3 cut(s) 173, 258, 267
Mph1103I ATGCAT 1 cut(s) 51
MslI CAYNNNNRTG 1 cut(s) 251
Mva1269I GAATGC 1 cut(s) 51
NdeII GATC 1 cut(s) 155
NlaIII CATG 1 cut(s) 53
NsiI ATGCAT 1 cut(s) 51
NspI RCATGY 1 cut(s) 53
NspV TTCGAA 1 cut(s) 233
PaeI GCATGC 1 cut(s) 53
PctI GAATGC 1 cut(s) 51
PfeI GAWTC 1 cut(s) 64
PsuI RGATCY 1 cut(s) 155
RsaI GTAC 1 cut(s) 15
RsaNI GTAC 1 cut(s) 14
RseI CAYNNNNRTG 1 cut(s) 251
Sau3AI GATC 1 cut(s) 155
SetI ASST 1 cut(s) 102
SfaNI GCATC 1 cut(s) 105
SfuI TTCGAA 1 cut(s) 233
SgeI CNNG 8 cut(s) 47, 54, 62, 124, 165, 171, 219, 262
SmiMI CAYNNNNRTG 1 cut(s) 251
SphI GCATGC 1 cut(s) 53
Sse9I AATT 3 cut(s) 173, 258, 267
TaqI TCGA 2 cut(s) 206, 233
TasI AATT 3 cut(s) 173, 258, 267
TatI WGTACW 1 cut(s) 13
TfiI GAWTC 1 cut(s) 64
TscAI CASTG 1 cut(s) 184
TspDTI ATGAA 2 cut(s) 235, 269
TspRI CASTG 1 cut(s) 184
XapI RAATTY 2 cut(s) 173, 267
XceI RCATGY 1 cut(s) 53
Zsp2I ATGCAT 1 cut(s) 51
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.