Basic Information

Type: gene

Biological Identity

Species

rosa_multiflora

Chromosome

Rmu_sc0000805.1

Orthogroup ID

OG0031098

Physical Location & Seq

Genomic Coordinates Reverse (-)

159099 .. 172477

Gene Structure 13379 bp

Loading structure...

UTR

Exon/CDS

Intron

Transcript / Protein ID

N/A

Sequence Viewer

CDS Protein Promoter (2k)

Length: 8670 bp

atgaataagaatgctcttcttgactctgaaacaagttattccttctcttatcaactcttgctcattttcatttgtcagcgagatgctgccactgctccaacggttggggatcgagtaccatatgtcattatcaaagctgcaaaaggtgccaaggcttatgagaggtcagaggaccccatctatgtgctcgagaataacattcctatagaccctcaatattatcttgaaaaccaaatcagcaagccactcttaagaatttttgagcctattttgaagaatgccagctcggaacttctccatggaagtcatacaagatctatttcaatgcctactccctccaacagtggcataatgagatttgcaaagaaacaactcacttgccttggttgtaaaactccaattagcaattcagacagaacgctgtgctcacactgtaagggaagagaagctgaactttactgcaaaactgtggctcatgtttctgagctggagactctttttgcacgtttatggacacagtgccaggagtgccaaggttcacttcatcaagatgtgctctgcacaagtcgggattgccctatattttacaggagaaagaaggcacaaaaagacatggtccgtcgtcgattccttcagaaggtcaaccccggcctcgccgagcttctaagcgacgaggacctttggcttggcgtcgagcctggccgcggagagcacgacgatgagttttggcgccgcgatggagagagcaggcgtcgtgggcgacctgctggagggatggagggagggagaaatctgacgtgcccaaaatcgccggcggtgtcaccgaaaacggccataaaagttccgaactggcctccagaagataaaaacaatccctacccggttcgcatcctcccacgccgccttcaacctttaaacttgctcaccatctacgccttaattctaggacccaggaaccggagtcataatttccagaaccggtcagataatcaccggaccgtccactcaaagttgctgcaacatcacgtcagatcggccagcccagttgctgcatctgcccagttggctgccctgcccacttctagcctagcccagtcactggccaccacagctcctttgcgcccccagctcgcttgcagcctccggcaccgacgcagcagctccgccttgaaccagaaaaccagaaagaaaaaaagggataagacgtcttcggccaagaggatgggaagaaagaggaagggaagaaagaaaaagagacggggcccagtgccagaaaaagaaaaagaaaacagaaagcttatggcccactgcagaagaagaagagaaaaaaaaaaaggccccgcagcccatgtgctcccagaaaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaagggcaggaagcccacgccgcggaagaagaaagaaagaaaaaaaaaagggcagaaagcgtgcccagaagaagaaaaaaaggaagtcaaagttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgctgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggacctatttgttgttttgtccaggttggaccgatttgttgttttgtccaggttggatcgatttatcatatttgaattgttaggttaa

Functional Annotation

Gene Ontology

Molecular Function
Biological Process
Cellular Component

GO:0000228 GO:0003674 GO:0003824 GO:0004518 GO:0004527 GO:0004529 GO:0004536 GO:0005575 GO:0005622 GO:0005623 GO:0005634 GO:0005657 GO:0005694 GO:0006139 GO:0006259 GO:0006260 GO:0006261 GO:0006281 GO:0006284 GO:0006287 GO:0006289 GO:0006297 GO:0006725 GO:0006807 GO:0006950 GO:0006974 GO:0008150 GO:0008152 GO:0008296 GO:0008408 GO:0009058 GO:0009059 GO:0009987 GO:0016787 GO:0016788 GO:0016796 GO:0016895 GO:0030894 GO:0031974 GO:0031981 GO:0032991 GO:0032993 GO:0033554 GO:0034641 GO:0034645 GO:0042575 GO:0043170 GO:0043226 GO:0043227 GO:0043228 GO:0043229 GO:0043231 GO:0043232 GO:0043233 GO:0043596 GO:0043601 GO:0043625 GO:0044237 GO:0044238 GO:0044249 GO:0044260 GO:0044422 GO:0044424 GO:0044427 GO:0044428 GO:0044446 GO:0044454 GO:0044464 GO:0045004 GO:0045005 GO:0046483 GO:0050896 GO:0051716 GO:0061695 GO:0070013 GO:0071704 GO:0090304 GO:0090305 GO:0140097 GO:1901360 GO:1901576 GO:1902494 GO:1990234

KEGG Pathways

Metabolic & Signaling

ko00230 ko00240 ko01100 ko03030 ko03410 ko03420 ko03430 ko03440 ko05166 map00230 map00240 map01100 map03030 map03410 map03420 map03430 map03440 map05166

Pfam Domains

Protein Families

DNA_pol_B DNA_pol_B_exo1 zf-C4pol

Protein Analysis

2889

Amino Acids

334.16

Weight (kDa)

10.38

Isoelectric Point (pI)

36.92

Instability Index

Protein Domains (Pfam)

Domain Name	Pfam ID	Position	E-value	Description
DNA_pol_B	PF00136	27 - 90	2e-14	DNA polymerase family B
zf-C4pol	PF14260	127 - 198	1.4e-18	C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta

Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)

AI Structure Prediction Report

Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

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Orthologous Genes (Group: OG0031098)

Species	Orthologous Gene IDs
rosa_multiflora	Rmu_co8317049.1_g000001 Rmu_sc0000805.1_g000055

Restriction Enzyme Sites

1 / 10

Enzyme	Recognition Site	Cut Count	Positions (bp)
AatII	GACGTC	1 cut(s)	1208
Acc36I	ACCTGC	1 cut(s)	772
AccB1I	GGYRCC	3 cut(s)	146, 729, 1146
AccB7I	CCANNNNNTGG	2 cut(s)	104, 1099
AccII	CGCG	3 cut(s)	705, 735, 1410
AciI	CCGC	9 cut(s)	703, 705, 733, 815, 901, 1164, 1341, 1408, 1410
AclWI	GGATC	2 cut(s)	117, 8646
AcoI	YGGCCR	5 cut(s)	700, 831, 1035, 1101, 1212
AcsI	RAATTY	1 cut(s)	255
AcuI	CTGAAG	1 cut(s)	617
AcyI	GRCGYC	4 cut(s)	690, 730, 751, 1205
AfaI	GTAC	1 cut(s)	117
AfiI	CCNNNNNNNGG	7 cut(s)	104, 637, 704, 770, 957, 1099, 1409
AflII	CTTAAG	1 cut(s)	250
AgeI	ACCGGT	1 cut(s)	978
AgsI	TTSAA	6 cut(s)	227, 274, 324, 908, 1171, 8657
AjiI	CACGTC	2 cut(s)	798, 1027
AjuI	GAANNNNNNNTTGG	6 cut(s)	391, 423, 525, 557, 1463, 1495
AluBI	AGCT	9 cut(s)	137, 285, 449, 487, 661, 1112, 1129, 1161, 1297
AluI	AGCT	9 cut(s)	137, 285, 449, 487, 661, 1112, 1129, 1161, 1297
Alw21I	GWGCWC	5 cut(s)	189, 428, 558, 714, 1356
Alw26I	GTCTC	2 cut(s)	485, 1249
AlwI	GGATC	2 cut(s)	117, 8646
AlwNI	CAGNNNCTG	2 cut(s)	1049, 1099
Ama87I	CYCGRG	1 cut(s)	188
ApaI	GGGCCC	1 cut(s)	1265
ApeKI	GCWGC	9 cut(s)	86, 137, 1015, 1049, 1067, 1137, 1155, 1158, 1343
ApoI	RAATTY	1 cut(s)	255
AsiGI	ACCGGT	1 cut(s)	978
AspLEI	GCGC	2 cut(s)	732, 1122
AsuC2I	CCSGG	2 cut(s)	648, 881
AsuHPI	GGTGA	3 cut(s)	813, 916, 983
AvaI	CYCGRG	1 cut(s)	188
BaeGI	GKGCMC	3 cut(s)	803, 1265, 1453
BalI	TGGCCA	1 cut(s)	1103
BanI	GGYRCC	3 cut(s)	146, 729, 1146
BanII	GRGCYC	1 cut(s)	1265
BbsI	GAAGAC	1 cut(s)	1200
Bbv12I	GWGCWC	5 cut(s)	189, 428, 558, 714, 1356
BbvI	GCAGC	9 cut(s)	73, 124, 1002, 1036, 1054, 1149, 1167, 1170, 1355
BccI	CCATC	5 cut(s)	185, 731, 769, 935, 1216
BceAI	ACGGC	1 cut(s)	846
BcnI	CCSGG	2 cut(s)	648, 881
BcoDI	GTCTC	2 cut(s)	485, 1249
BfaI	CTAG	3 cut(s)	944, 1083, 1088
BfmI	CTRYAG	2 cut(s)	204, 1309
BfoI	RGCGCY	1 cut(s)	733
BfrI	CTTAAG	1 cut(s)	250
BfuAI	ACCTGC	1 cut(s)	772
BglI	GCCNNNNNGGC	1 cut(s)	1064
BglII	AGATCT	1 cut(s)	314
BmeT110I	CYCGRG	1 cut(s)	188
BmgBI	CACGTC	2 cut(s)	798, 1027
BmiI	GGNNCC	9 cut(s)	148, 174, 731, 949, 956, 1148, 1262, 1263, 1339
BmrI	ACTGGG	4 cut(s)	1037, 1054, 1087, 1259
BmsI	GCATC	3 cut(s)	73, 897, 1061
BmuI	ACTGGG	4 cut(s)	1037, 1054, 1087, 1259
BpiI	GAAGAC	1 cut(s)	1200
BpmI	CTGGAG	3 cut(s)	509, 789, 840
BpuMI	CCSGG	2 cut(s)	648, 881
Bsa29I	ATCGAT	1 cut(s)	8641
BsaHI	GRCGYC	4 cut(s)	690, 730, 751, 1205
BsaJI	CCNNGG	8 cut(s)	150, 298, 382, 532, 646, 703, 950, 1408
BsaWI	WCCGGW	3 cut(s)	957, 978, 993
BsaXI	ACNNNNNCTCC	2 cut(s)	1096, 1126
Bsc4I	CCNNNNNNNGG	7 cut(s)	104, 637, 704, 770, 957, 1099, 1409
Bse118I	RCCGGY	2 cut(s)	811, 978
Bse1I	ACTGG	6 cut(s)	854, 1043, 1060, 1093, 1104, 1265
BseCI	ATCGAT	1 cut(s)	8641
BseDI	CCNNGG	8 cut(s)	150, 298, 382, 532, 646, 703, 950, 1408
BseGI	GGATG	3 cut(s)	780, 888, 1227
BseLI	CCNNNNNNNGG	7 cut(s)	104, 637, 704, 770, 957, 1099, 1409
BseMII	CTCAG	1 cut(s)	474
BseNI	ACTGG	6 cut(s)	854, 1043, 1060, 1093, 1104, 1265
BseSI	GKGCMC	3 cut(s)	803, 1265, 1453
BseXI	GCAGC	9 cut(s)	73, 124, 1002, 1036, 1054, 1149, 1167, 1170, 1355
BseYI	CCCAGC	1 cut(s)	1125
BsgI	GTGCAG	1 cut(s)	544
Bsh1236I	CGCG	3 cut(s)	705, 735, 1410
BshNI	GGYRCC	3 cut(s)	146, 729, 1146
BshTI	ACCGGT	1 cut(s)	978
BshVI	ATCGAT	1 cut(s)	8641
BsiHKAI	GWGCWC	5 cut(s)	189, 428, 558, 714, 1356
BsiHKCI	CYCGRG	1 cut(s)	188
BsiSI	CCGG	7 cut(s)	648, 812, 881, 958, 979, 994, 1144
BslI	CCNNNNNNNGG	7 cut(s)	104, 637, 704, 770, 957, 1099, 1409
BsmAI	GTCTC	2 cut(s)	485, 1249
BsmBI	CGTCTC	1 cut(s)	1249
BsmI	GAATGC	2 cut(s)	16, 283
BsoBI	CYCGRG	1 cut(s)	188
Bsp120I	GGGCCC	1 cut(s)	1261
Bsp1286I	GDGCHC	8 cut(s)	189, 428, 558, 714, 803, 1265, 1356, 1453
Bsp143I	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
Bsp19I	CCATGG	1 cut(s)	298
BspACI	CCGC	9 cut(s)	703, 705, 733, 815, 901, 1164, 1341, 1408, 1410
BspCNI	CTCAG	1 cut(s)	475
BspDI	ATCGAT	1 cut(s)	8641
BspFNI	CGCG	3 cut(s)	705, 735, 1410
BspLI	GGNNCC	9 cut(s)	148, 174, 731, 949, 956, 1148, 1262, 1263, 1339
BspMAI	CTGCAG	1 cut(s)	1313
BspMI	ACCTGC	1 cut(s)	772
BspPI	GGATC	2 cut(s)	117, 8646
BspQI	GCTCTTC	1 cut(s)	21
BspT107I	GGYRCC	3 cut(s)	146, 729, 1146
BspTI	CTTAAG	1 cut(s)	250
BsrFI	RCCGGY	2 cut(s)	811, 978
BsrI	ACTGG	6 cut(s)	854, 1043, 1060, 1093, 1104, 1265
BssAI	RCCGGY	2 cut(s)	811, 978
BssECI	CCNNGG	8 cut(s)	150, 298, 382, 532, 646, 703, 950, 1408
BssMI	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
BssNI	GRCGYC	4 cut(s)	690, 730, 751, 1205
BssT1I	CCWWGG	4 cut(s)	150, 298, 382, 532
Bst4CI	ACNGT	6 cut(s)	103, 344, 434, 469, 519, 1000
Bst6I	CTCTTC	3 cut(s)	21, 436, 1315
BstACI	GRCGYC	4 cut(s)	690, 730, 751, 1205
BstAFI	CTTAAG	1 cut(s)	250
BstAPI	GCANNNNNTGC	1 cut(s)	146
BstC8I	GCNNGC	8 cut(s)	242, 283, 749, 813, 1039, 1131, 1135, 1449
BstDEI	CTNAG	2 cut(s)	483, 665
BstDSI	CCRYGG	3 cut(s)	298, 703, 1408
BstENI	CCTNNNNNAGG	2 cut(s)	635, 768
BstF5I	GGATG	3 cut(s)	780, 888, 1227
BstFNI	CGCG	3 cut(s)	705, 735, 1410
BstH2I	RGCGCY	1 cut(s)	733
BstHHI	GCGC	2 cut(s)	732, 1122
BstKTI	GATC	4 cut(s)	112, 317, 1034, 8641
BstMAI	GTCTC	2 cut(s)	485, 1249
BstMBI	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
BstMWI	GCNNNNNNNGC	9 cut(s)	92, 146, 528, 757, 1055, 1064, 1109, 1126, 1407
BstSFI	CTRYAG	2 cut(s)	204, 1309
BstSLI	GKGCMC	3 cut(s)	803, 1265, 1453
BstUI	CGCG	3 cut(s)	705, 735, 1410
BstV1I	GCAGC	9 cut(s)	73, 124, 1002, 1036, 1054, 1149, 1167, 1170, 1355
BstV2I	GAAGAC	1 cut(s)	1200
BstX2I	RGATCY	1 cut(s)	314
BstXI	CCANNNNNNTGG	1 cut(s)	1222
BstYI	RGATCY	1 cut(s)	314
Bsu15I	ATCGAT	1 cut(s)	8641
BsuTUI	ATCGAT	1 cut(s)	8641
BtgI	CCRYGG	3 cut(s)	298, 703, 1408
BtgZI	GCGATG	1 cut(s)	750
BtrI	CACGTC	2 cut(s)	798, 1027
BtsCI	GGATG	3 cut(s)	780, 888, 1227
BtsI	GCAGTG	2 cut(s)	90, 1306
BtsIMutI	CAGTG	7 cut(s)	90, 349, 430, 524, 1097, 1272, 1306
BveI	ACCTGC	1 cut(s)	772
Cac8I	GCNNGC	8 cut(s)	242, 283, 749, 813, 1039, 1131, 1135, 1449
CaiI	CAGNNNCTG	2 cut(s)	1049, 1099
CfoI	GCGC	2 cut(s)	732, 1122
Cfr10I	RCCGGY	2 cut(s)	811, 978
Cfr42I	CCGCGG	2 cut(s)	706, 1411
ClaI	ATCGAT	1 cut(s)	8641
CpoI	CGGWCCG	1 cut(s)	996
CseI	GACGC	3 cut(s)	679, 740, 1161
Csp6I	GTAC	1 cut(s)	116
CspAI	ACCGGT	1 cut(s)	978
CspI	CGGWCCG	1 cut(s)	996
CviAII	CATG	4 cut(s)	299, 476, 613, 1349
CviQI	GTAC	1 cut(s)	116
DdeI	CTNAG	2 cut(s)	483, 665
DinI	GGCGCC	1 cut(s)	731
DpnI	GATC	4 cut(s)	111, 316, 1033, 8640
DpnII	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
DraI	TTTAAA	1 cut(s)	915
EaeI	YGGCCR	5 cut(s)	700, 831, 1035, 1101, 1212
Eam1104I	CTCTTC	3 cut(s)	21, 436, 1315
EarI	CTCTTC	3 cut(s)	21, 436, 1315
EciI	GGCGGA	1 cut(s)	1153
Eco130I	CCWWGG	4 cut(s)	150, 298, 382, 532
Eco24I	GRGCYC	1 cut(s)	1265
Eco57I	CTGAAG	1 cut(s)	617
Eco88I	CYCGRG	1 cut(s)	188
EcoNI	CCTNNNNNAGG	2 cut(s)	635, 768
EcoO109I	RGGNCCY	5 cut(s)	172, 676, 947, 1261, 1337
EcoT14I	CCWWGG	4 cut(s)	150, 298, 382, 532
EcoT38I	GRGCYC	1 cut(s)	1265
EgeI	GGCGCC	1 cut(s)	731
EheI	GGCGCC	1 cut(s)	731
ErhI	CCWWGG	4 cut(s)	150, 298, 382, 532
Esp3I	CGTCTC	1 cut(s)	1249
FaeI	CATG	4 cut(s)	302, 479, 616, 1352
FalI	AAGNNNNNCTT	6 cut(s)	233, 265, 438, 470, 525, 557
FatI	CATG	4 cut(s)	298, 475, 612, 1348
FauI	CCCGC	1 cut(s)	1348
FauNDI	CATATG	1 cut(s)	121
FokI	GGATG	3 cut(s)	787, 875, 1234
FriOI	GRGCYC	1 cut(s)	1265
FspBI	CTAG	3 cut(s)	944, 1083, 1088
GlaI	GCGC	2 cut(s)	731, 1121
GsaI	CCCAGC	1 cut(s)	1129
GsuI	CTGGAG	3 cut(s)	509, 789, 840
HaeII	RGCGCY	1 cut(s)	733
HapII	CCGG	7 cut(s)	648, 812, 881, 958, 979, 994, 1144
HgaI	GACGC	3 cut(s)	679, 740, 1161
HhaI	GCGC	2 cut(s)	732, 1122
Hin1I	GRCGYC	4 cut(s)	690, 730, 751, 1205
Hin1II	CATG	4 cut(s)	302, 479, 616, 1352
Hin6I	GCGC	2 cut(s)	730, 1120
HinP1I	GCGC	2 cut(s)	730, 1120
HincII	GTYRAC	1 cut(s)	643
HindII	GTYRAC	1 cut(s)	643
HindIII	AAGCTT	1 cut(s)	1295
HinfI	GANTC	4 cut(s)	23, 493, 627, 961
HpaII	CCGG	7 cut(s)	648, 812, 881, 958, 979, 994, 1144
HphI	GGTGA	3 cut(s)	813, 916, 983
Hpy166II	GTNNAC	3 cut(s)	539, 643, 1003
Hpy188III	TCNNGA	7 cut(s)	20, 190, 224, 548, 569, 857, 973
Hpy8I	GTNNAC	3 cut(s)	539, 643, 1003
Hpy99I	CGWCG	7 cut(s)	624, 627, 674, 695, 719, 756, 1155
HpyAV	CCTTC	6 cut(s)	52, 592, 631, 641, 914, 1231
HpyCH4III	ACNGT	6 cut(s)	103, 344, 434, 469, 519, 1000
HpyCH4IV	ACGT	4 cut(s)	505, 797, 1026, 1205
HpyCH4V	TGCA	9 cut(s)	140, 362, 462, 503, 561, 1018, 1052, 1137, 1311
HpyF10VI	GCNNNNNNNGC	9 cut(s)	92, 146, 528, 757, 1055, 1064, 1109, 1126, 1407
HpyF3I	CTNAG	2 cut(s)	483, 665
HpySE526I	ACGT	4 cut(s)	505, 797, 1026, 1205
Hsp92I	GRCGYC	4 cut(s)	690, 730, 751, 1205
Hsp92II	CATG	4 cut(s)	302, 479, 616, 1352
HspAI	GCGC	2 cut(s)	730, 1120
KasI	GGCGCC	1 cut(s)	729
KroI	GCCGGC	1 cut(s)	811
KroNI	GCCGGC	1 cut(s)	813
KspI	CCGCGG	2 cut(s)	706, 1411
Kzo9I	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
LguI	GCTCTTC	1 cut(s)	21
LmnI	GCTCC	4 cut(s)	100, 1117, 1166, 1359
Lsp1109I	GCAGC	9 cut(s)	73, 124, 1002, 1036, 1054, 1149, 1167, 1170, 1355
LweI	GCATC	3 cut(s)	73, 897, 1061
MaeI	CTAG	3 cut(s)	944, 1083, 1088
MaeII	ACGT	4 cut(s)	505, 797, 1026, 1205
MaeIII	GTNAC	2 cut(s)	819, 1095
MalI	GATC	4 cut(s)	111, 316, 1033, 8640
MboI	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
MflI	RGATCY	1 cut(s)	314
MhlI	GDGCHC	8 cut(s)	189, 428, 558, 714, 803, 1265, 1356, 1453
MlsI	TGGCCA	1 cut(s)	1103
MluCI	AATT	6 cut(s)	255, 399, 406, 939, 967, 8657
MluNI	TGGCCA	1 cut(s)	1103
Mly113I	GGCGCC	1 cut(s)	730
MlyI	GAGTC	3 cut(s)	17, 487, 970
Mox20I	TGGCCA	1 cut(s)	1103
MreI	CGCCGGCG	1 cut(s)	811
MroNI	GCCGGC	1 cut(s)	811
MscI	TGGCCA	1 cut(s)	1103
MseI	TTAA	4 cut(s)	251, 914, 938, 8668
MslI	CAYNNNNRTG	4 cut(s)	182, 508, 549, 717
Msp20I	TGGCCA	1 cut(s)	1103
MspA1I	CMGCKG	2 cut(s)	705, 1410
MspCI	CTTAAG	1 cut(s)	250
MspI	CCGG	7 cut(s)	648, 812, 881, 958, 979, 994, 1144
Mva1269I	GAATGC	2 cut(s)	16, 283
MvnI	CGCG	3 cut(s)	705, 735, 1410
MwoI	GCNNNNNNNGC	9 cut(s)	92, 146, 528, 757, 1055, 1064, 1109, 1126, 1407
NaeI	GCCGGC	1 cut(s)	813
NarI	GGCGCC	1 cut(s)	730
NciI	CCSGG	2 cut(s)	648, 881
NcoI	CCATGG	1 cut(s)	298
NdeI	CATATG	1 cut(s)	121
NdeII	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
NgoMIV	GCCGGC	1 cut(s)	811
NlaIII	CATG	4 cut(s)	302, 479, 616, 1352
NlaIV	GGNNCC	9 cut(s)	148, 174, 731, 949, 956, 1148, 1262, 1263, 1339
NmeAIII	GCCGAG	1 cut(s)	682
NmuCI	GTSAC	2 cut(s)	819, 1095
PaeR7I	CTCGAG	1 cut(s)	188
PciSI	GCTCTTC	1 cut(s)	21
PctI	GAATGC	2 cut(s)	16, 283
PdiI	GCCGGC	1 cut(s)	813
PfeI	GAWTC	1 cut(s)	627
PflFI	GACNNNGTC	1 cut(s)	614
PflMI	CCANNNNNTGG	2 cut(s)	104, 1099
PinAI	ACCGGT	1 cut(s)	978
PleI	GAGTC	3 cut(s)	17, 487, 969
PluTI	GGCGCC	1 cut(s)	733
PpsI	GAGTC	3 cut(s)	17, 487, 969
PpuMI	RGGWCCY	3 cut(s)	172, 676, 947
Psp5II	RGGWCCY	3 cut(s)	172, 676, 947
PspFI	CCCAGC	1 cut(s)	1125
PspN4I	GGNNCC	9 cut(s)	148, 174, 731, 949, 956, 1148, 1262, 1263, 1339
PspOMI	GGGCCC	1 cut(s)	1261
PspPPI	RGGWCCY	3 cut(s)	172, 676, 947
PstI	CTGCAG	1 cut(s)	1313
PstNI	CAGNNNCTG	2 cut(s)	1049, 1099
PsuI	RGATCY	1 cut(s)	314
PsyI	GACNNNGTC	1 cut(s)	614
RsaI	GTAC	1 cut(s)	117
RsaNI	GTAC	1 cut(s)	116
RseI	CAYNNNNRTG	4 cut(s)	182, 508, 549, 717
Rsr2I	CGGWCCG	1 cut(s)	996
RsrII	CGGWCCG	1 cut(s)	996
SacII	CCGCGG	2 cut(s)	706, 1411
SapI	GCTCTTC	1 cut(s)	21
SaqAI	TTAA	4 cut(s)	251, 914, 938, 8668
Sau3AI	GATC	4 cut(s)	109, 314, 1031, 8638
SchI	GAGTC	3 cut(s)	17, 487, 970
SduI	GDGCHC	8 cut(s)	189, 428, 558, 714, 803, 1265, 1356, 1453
SfaNI	GCATC	3 cut(s)	73, 897, 1061
SfcI	CTRYAG	2 cut(s)	204, 1309
SfoI	GGCGCC	1 cut(s)	731
Sfr274I	CTCGAG	1 cut(s)	188
Sfr303I	CCGCGG	2 cut(s)	706, 1411
SgrAI	CRCCGGYG	1 cut(s)	811
SgrBI	CCGCGG	2 cut(s)	706, 1411
SlaI	CTCGAG	1 cut(s)	188
SmiMI	CAYNNNNRTG	4 cut(s)	182, 508, 549, 717
SmlI	CTYRAG	2 cut(s)	188, 250
SmoI	CTYRAG	2 cut(s)	188, 250
Sse9I	AATT	6 cut(s)	255, 399, 406, 939, 967, 8657
SsiI	CCGC	9 cut(s)	703, 705, 733, 815, 901, 1164, 1341, 1408, 1410
SspDI	GGCGCC	1 cut(s)	729
SspI	AATATT	1 cut(s)	218
SspMI	CTAG	3 cut(s)	944, 1083, 1088
StyI	CCWWGG	4 cut(s)	150, 298, 382, 532
TaaI	ACNGT	6 cut(s)	103, 344, 434, 469, 519, 1000
TaiI	ACGT	4 cut(s)	508, 800, 1029, 1208
TaqI	TCGA	5 cut(s)	112, 189, 625, 693, 8641
TaqII	GACCGA	1 cut(s)	8628
TasI	AATT	6 cut(s)	255, 399, 406, 939, 967, 8657
TauI	GCSGC	4 cut(s)	705, 735, 903, 1410
TfiI	GAWTC	1 cut(s)	627
Tru1I	TTAA	4 cut(s)	251, 914, 938, 8668
Tru9I	TTAA	4 cut(s)	251, 914, 938, 8668
TscAI	CASTG	7 cut(s)	97, 349, 437, 524, 1104, 1272, 1313
TseFI	GTSAC	2 cut(s)	819, 1095
TseI	GCWGC	9 cut(s)	86, 137, 1015, 1049, 1067, 1137, 1155, 1158, 1343
Tsp45I	GTSAC	2 cut(s)	819, 1095
TspDTI	ATGAA	3 cut(s)	17, 58, 533
TspGWI	ACGGA	1 cut(s)	608
TspRI	CASTG	7 cut(s)	97, 349, 437, 524, 1104, 1272, 1313
Tth111I	GACNNNGTC	1 cut(s)	614
Van91I	CCANNNNNTGG	2 cut(s)	104, 1099
Vha464I	CTTAAG	1 cut(s)	250
XagI	CCTNNNNNAGG	2 cut(s)	635, 768
XapI	RAATTY	1 cut(s)	255
XhoI	CTCGAG	1 cut(s)	188
XspI	CTAG	3 cut(s)	944, 1083, 1088
ZraI	GACGTC	1 cut(s)	1206

Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.