Rmu_sc0001733.1_g000003

unfolded protein binding

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_multiflora
Rmu_sc0001733.1
OG0031152
Physical Location & Seq
Reverse (-)
13004 .. 13384
381 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
Rmu_sc0001733.1_g000003.1.cds

Sequence Viewer

Length: 381 bp
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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
Calreticulin

Protein Analysis

126

Amino Acids

14.62

Weight (kDa)

10.28

Isoelectric Point (pI)

93.22

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Orthologous Genes (Group: OG0031152)

Species Orthologous Gene IDs
rosa_multiflora Rmu_sc0001733.1_g000003 Rmu_sc0006267.1_g000006

Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AccI GTMKAC 1 cut(s) 195
AccIII TCCGGA 1 cut(s) 363
AciI CCGC 1 cut(s) 326
AclWI GGATC 2 cut(s) 361, 374
AfaI GTAC 2 cut(s) 19, 96
AhlI ACTAGT 1 cut(s) 20
AluBI AGCT 2 cut(s) 219, 246
AluI AGCT 2 cut(s) 219, 246
AlwI GGATC 2 cut(s) 361, 374
Aor13HI TCCGGA 1 cut(s) 363
AoxI GGCC 1 cut(s) 102
ApeKI GCWGC 1 cut(s) 243
AspLEI GCGC 1 cut(s) 300
AsuHPI GGTGA 1 cut(s) 23
BamHI GGATCC 1 cut(s) 366
BbvI GCAGC 1 cut(s) 255
BclI TGATCA 1 cut(s) 109
BcuI ACTAGT 1 cut(s) 20
BfaI CTAG 1 cut(s) 21
BfmI CTRYAG 1 cut(s) 289
BfoI RGCGCY 1 cut(s) 301
BisI GCNGC 1 cut(s) 244
BlsI GCNGC 1 cut(s) 245
BmcAI AGTACT 1 cut(s) 19
BmiI GGNNCC 2 cut(s) 368, 374
BmrI ACTGGG 1 cut(s) 61
BmuI ACTGGG 1 cut(s) 61
BsaWI WCCGGW 1 cut(s) 363
Bse118I RCCGGY 1 cut(s) 100
Bse1I ACTGG 1 cut(s) 67
BseAI TCCGGA 1 cut(s) 363
BseGI GGATG 2 cut(s) 112, 198
BseNI ACTGG 1 cut(s) 67
BseRI GAGGAG 2 cut(s) 365, 366
BseXI GCAGC 1 cut(s) 255
BshFI GGCC 1 cut(s) 104
BsiSI CCGG 3 cut(s) 101, 364, 370
BsnI GGCC 1 cut(s) 104
Bsp13I TCCGGA 1 cut(s) 363
Bsp143I GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
BspACI CCGC 1 cut(s) 326
BspANI GGCC 1 cut(s) 104
BspEI TCCGGA 1 cut(s) 363
BspLI GGNNCC 2 cut(s) 368, 374
BspPI GGATC 2 cut(s) 361, 374
BsrFI RCCGGY 1 cut(s) 100
BsrI ACTGG 1 cut(s) 67
BssAI RCCGGY 1 cut(s) 100
BssMI GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
Bst4CI ACNGT 3 cut(s) 17, 56, 293
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 257
BstF5I GGATG 2 cut(s) 112, 198
BstH2I RGCGCY 1 cut(s) 301
BstHHI GCGC 1 cut(s) 300
BstKTI GATC 4 cut(s) 112, 128, 175, 369
BstMBI GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
BstMWI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 252, 325
BstSFI CTRYAG 1 cut(s) 289
BstV1I GCAGC 1 cut(s) 255
BstX2I RGATCY 1 cut(s) 366
BstYI RGATCY 1 cut(s) 366
BsuRI GGCC 1 cut(s) 104
BtsCI GGATG 2 cut(s) 112, 198
BtsIMutI CAGTG 1 cut(s) 298
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 257
CfoI GCGC 1 cut(s) 300
Cfr10I RCCGGY 1 cut(s) 100
Csp6I GTAC 2 cut(s) 18, 95
CviAII CATG 1 cut(s) 274
CviJI RGCY 4 cut(s) 104, 219, 246, 373
CviKI_1 RGCY 4 cut(s) 104, 219, 246, 373
CviQI GTAC 2 cut(s) 18, 95
DpnI GATC 4 cut(s) 111, 127, 174, 368
DpnII GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
FaeI CATG 1 cut(s) 277
FaiI YATR 5 cut(s) 222, 234, 275, 286, 315
FatI CATG 1 cut(s) 273
FbaI TGATCA 1 cut(s) 109
FblI GTMKAC 1 cut(s) 195
Fnu4HI GCNGC 1 cut(s) 244
FokI GGATG 2 cut(s) 99, 185
Fsp4HI GCNGC 1 cut(s) 244
FspBI CTAG 1 cut(s) 21
GlaI GCGC 1 cut(s) 299
GluI GCNGC 1 cut(s) 244
HaeII RGCGCY 1 cut(s) 301
HaeIII GGCC 1 cut(s) 104
HapII CCGG 3 cut(s) 101, 364, 370
HhaI GCGC 1 cut(s) 300
Hin1II CATG 1 cut(s) 277
Hin6I GCGC 1 cut(s) 298
HinP1I GCGC 1 cut(s) 298
HincII GTYRAC 1 cut(s) 196
HindII GTYRAC 1 cut(s) 196
HpaII CCGG 3 cut(s) 101, 364, 370
HphI GGTGA 1 cut(s) 23
Hpy166II GTNNAC 1 cut(s) 196
Hpy188I TCNGA 2 cut(s) 89, 339
Hpy188III TCNNGA 2 cut(s) 207, 364
Hpy8I GTNNAC 1 cut(s) 196
HpyAV CCTTC 1 cut(s) 370
HpyCH4III ACNGT 3 cut(s) 17, 56, 293
HpyCH4IV ACGT 1 cut(s) 228
HpyCH4V TGCA 1 cut(s) 255
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 252, 325
HpySE526I ACGT 1 cut(s) 228
Hsp92II CATG 1 cut(s) 277
HspAI GCGC 1 cut(s) 298
Kpn2I TCCGGA 1 cut(s) 363
Ksp22I TGATCA 1 cut(s) 109
Kzo9I GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
LmnI GCTCC 2 cut(s) 89, 378
LpnPI CCDG 4 cut(s) 80, 114, 192, 377
Lsp1109I GCAGC 1 cut(s) 255
MaeI CTAG 1 cut(s) 21
MaeII ACGT 1 cut(s) 228
MaeIII GTNAC 2 cut(s) 11, 81
MalI GATC 4 cut(s) 111, 127, 174, 368
MboI GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
MboII GAAGA 4 cut(s) 51, 54, 57, 60
MflI RGATCY 1 cut(s) 366
MmeI TCCRAC 1 cut(s) 242
MnlI CCTC 3 cut(s) 82, 258, 344
MroI TCCGGA 1 cut(s) 363
MspI CCGG 3 cut(s) 101, 364, 370
MwoI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 252, 325
NdeII GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
NlaIII CATG 1 cut(s) 277
NlaIV GGNNCC 2 cut(s) 368, 374
NmuCI GTSAC 2 cut(s) 11, 81
PkrI GCNGC 1 cut(s) 245
PspN4I GGNNCC 2 cut(s) 368, 374
PsrI GAACNNNNNNTAC 2 cut(s) 10, 42
PsuI RGATCY 1 cut(s) 366
RsaI GTAC 2 cut(s) 19, 96
RsaNI GTAC 2 cut(s) 18, 95
SalI GTCGAC 1 cut(s) 194
SatI GCNGC 1 cut(s) 244
Sau3AI GATC 4 cut(s) 109, 125, 172, 366
ScaI AGTACT 1 cut(s) 19
SetI ASST 7 cut(s) 10, 221, 231, 248, 269, 285, 362
SfcI CTRYAG 1 cut(s) 289
SpeI ACTAGT 1 cut(s) 20
SsiI CCGC 1 cut(s) 326
SspI AATATT 1 cut(s) 166
SspMI CTAG 1 cut(s) 21
TaaI ACNGT 3 cut(s) 17, 56, 293
TaiI ACGT 1 cut(s) 231
TaqI TCGA 4 cut(s) 29, 195, 208, 310
TatI WGTACW 1 cut(s) 17
TscAI CASTG 1 cut(s) 298
TseFI GTSAC 2 cut(s) 11, 81
TseI GCWGC 1 cut(s) 243
Tsp45I GTSAC 2 cut(s) 11, 81
TspDTI ATGAA 2 cut(s) 237, 249
TspRI CASTG 1 cut(s) 298
XmiI GTMKAC 1 cut(s) 195
XspI CTAG 1 cut(s) 21
ZrmI AGTACT 1 cut(s) 19
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.