Rmu_sc0000407.1_g000002

ribosomal protein

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_multiflora
Rmu_sc0000407.1
OG0021541
Physical Location & Seq
Reverse (-)
11409 .. 11725
317 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
Rmu_sc0000407.1_g000002.1.cds

Sequence Viewer

Length: 273 bp
ctgcaagagttcaaagaatacgaaatcgtcggcgtcgtcgccggggcagtcgaggcgcttccaggcgaagagagtcgatctcttcgctacaagcttctcagaggcctacctgttcgcatggcctgctatggtgtgttgagatttgtcatggaaagtggtgcaaagggatgcgaggtaattgcggggattcttgagggaccgagggagtcggagaagcgtgaggtggagtggaggactagcggcagtgggagtggtaataaggttggggtctga
Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
GO:0000184 GO:0000226 GO:0000302 GO:0000702 GO:0000956 GO:0001726 GO:0001817 GO:0001819 GO:0001932 GO:0001934 GO:0002181 GO:0002682 GO:0002684 GO:0002694 GO:0002696 GO:0003674 GO:0003676 GO:0003677 GO:0003684 GO:0003690 GO:0003723 GO:0003729 GO:0003735 GO:0003824 GO:0003906 GO:0004518 GO:0004519 GO:0004520 GO:0004536 GO:0005198 GO:0005488 GO:0005515 GO:0005575 GO:0005622 GO:0005623 GO:0005634 GO:0005654 GO:0005730 GO:0005737 GO:0005739 GO:0005740 GO:0005743 GO:0005759 GO:0005783 GO:0005819 GO:0005829 GO:0005840 GO:0005844 GO:0005856 GO:0005886 GO:0006139 GO:0006259 GO:0006281 GO:0006282 GO:0006355 GO:0006401 GO:0006402 GO:0006412 GO:0006413 GO:0006417 GO:0006518 GO:0006605 GO:0006612 GO:0006613 GO:0006614 GO:0006725 GO:0006807 GO:0006810 GO:0006886 GO:0006950 GO:0006974 GO:0006979 GO:0006996 GO:0007010 GO:0007017 GO:0007049 GO:0007051 GO:0007059 GO:0008017 GO:0008092 GO:0008104 GO:0008134 GO:0008150 GO:0008152 GO:0008284 GO:0008534 GO:0009056 GO:0009057 GO:0009058 GO:0009059 GO:0009636 GO:0009889 GO:0009890 GO:0009892 GO:0009893 GO:0009966 GO:0009967 GO:0009987 GO:0010033 GO:0010035 GO:0010467 GO:0010468 GO:0010556 GO:0010558 GO:0010562 GO:0010604 GO:0010605 GO:0010608 GO:0010628 GO:0010629 GO:0010638 GO:0010646 GO:0010647 GO:0010941 GO:0010942 GO:0010950 GO:0010952 GO:0012505 GO:0015031 GO:0015630 GO:0015631 GO:0015833 GO:0015935 GO:0016020 GO:0016043 GO:0016070 GO:0016071 GO:0016363 GO:0016787 GO:0016788 GO:0016798 GO:0016799 GO:0016829 GO:0016835 GO:0017148 GO:0019104 GO:0019219 GO:0019220 GO:0019222 GO:0019439 GO:0019538 GO:0019843 GO:0019866 GO:0019899 GO:0019900 GO:0019901 GO:0022402 GO:0022407 GO:0022409 GO:0022607 GO:0022626 GO:0022627 GO:0023051 GO:0023056 GO:0030155 GO:0030162 GO:0030544 GO:0031072 GO:0031090 GO:0031110 GO:0031112 GO:0031113 GO:0031116 GO:0031252 GO:0031253 GO:0031256 GO:0031323 GO:0031324 GO:0031325 GO:0031326 GO:0031327 GO:0031334 GO:0031396 GO:0031397 GO:0031399 GO:0031400 GO:0031401 GO:0031966 GO:0031967 GO:0031974 GO:0031975 GO:0031981 GO:0032069 GO:0032070 GO:0032071 GO:0032075 GO:0032077 GO:0032079 GO:0032268 GO:0032269 GO:0032270 GO:0032271 GO:0032273 GO:0032356 GO:0032357 GO:0032358 GO:0032587 GO:0032663 GO:0032743 GO:0032872 GO:0032874 GO:0032886 GO:0032944 GO:0032946 GO:0032991 GO:0033036 GO:0033043 GO:0033365 GO:0033554 GO:0033674 GO:0034097 GO:0034248 GO:0034249 GO:0034399 GO:0034599 GO:0034612 GO:0034613 GO:0034614 GO:0034641 GO:0034645 GO:0034655 GO:0035690 GO:0042102 GO:0042104 GO:0042127 GO:0042129 GO:0042221 GO:0042325 GO:0042327 GO:0042493 GO:0042542 GO:0042769 GO:0042886 GO:0042981 GO:0042995 GO:0043043 GO:0043065 GO:0043066 GO:0043067 GO:0043068 GO:0043069 GO:0043085 GO:0043170 GO:0043226 GO:0043227 GO:0043228 GO:0043229 GO:0043231 GO:0043232 GO:0043233 GO:0043254 GO:0043280 GO:0043281 GO:0043405 GO:0043406 GO:0043408 GO:0043410 GO:0043506 GO:0043507 GO:0043523 GO:0043524 GO:0043549 GO:0043603 GO:0043604 GO:0044085 GO:0044087 GO:0044089 GO:0044093 GO:0044237 GO:0044238 GO:0044248 GO:0044249 GO:0044260 GO:0044265 GO:0044267 GO:0044270 GO:0044271 GO:0044390 GO:0044391 GO:0044422 GO:0044424 GO:0044425 GO:0044428 GO:0044429 GO:0044430 GO:0044444 GO:0044445 GO:0044446 GO:0044459 GO:0044463 GO:0044464 GO:0044877 GO:0045047 GO:0045184 GO:0045738 GO:0045739 GO:0045785 GO:0045859 GO:0045860 GO:0045862 GO:0045934 GO:0045935 GO:0045937 GO:0046006 GO:0046328 GO:0046330 GO:0046483 GO:0046677 GO:0046700 GO:0046907 GO:0048037 GO:0048518 GO:0048519 GO:0048522 GO:0048523 GO:0048583 GO:0048584 GO:0048585 GO:0050670 GO:0050671 GO:0050776 GO:0050778 GO:0050789 GO:0050790 GO:0050794 GO:0050854 GO:0050856 GO:0050857 GO:0050862 GO:0050863 GO:0050865 GO:0050867 GO:0050870 GO:0050896 GO:0051018 GO:0051052 GO:0051053 GO:0051054 GO:0051090 GO:0051091 GO:0051092 GO:0051128 GO:0051130 GO:0051171 GO:0051172 GO:0051173 GO:0051174 GO:0051179 GO:0051225 GO:0051234 GO:0051239 GO:0051240 GO:0051246 GO:0051247 GO:0051248 GO:0051249 GO:0051251 GO:0051252 GO:0051336 GO:0051338 GO:0051345 GO:0051347 GO:0051493 GO:0051495 GO:0051536 GO:0051540 GO:0051606 GO:0051641 GO:0051649 GO:0051716 GO:0051879 GO:0052547 GO:0052548 GO:0060255 GO:0060548 GO:0061481 GO:0065007 GO:0065009 GO:0070013 GO:0070181 GO:0070301 GO:0070302 GO:0070304 GO:0070507 GO:0070663 GO:0070665 GO:0070727 GO:0070887 GO:0070925 GO:0070972 GO:0071159 GO:0071236 GO:0071310 GO:0071345 GO:0071356 GO:0071702 GO:0071704 GO:0071705 GO:0071840 GO:0071900 GO:0071902 GO:0071944 GO:0072594 GO:0072599 GO:0072657 GO:0072686 GO:0080090 GO:0080134 GO:0080135 GO:0090150 GO:0090304 GO:0090305 GO:0097100 GO:0097159 GO:0097237 GO:0098590 GO:0120025 GO:0120038 GO:0140078 GO:0140097 GO:1900117 GO:1900119 GO:1901214 GO:1901215 GO:1901222 GO:1901224 GO:1901360 GO:1901361 GO:1901363 GO:1901564 GO:1901566 GO:1901575 GO:1901576 GO:1901700 GO:1901701 GO:1902229 GO:1902231 GO:1902531 GO:1902533 GO:1902544 GO:1902546 GO:1902903 GO:1902905 GO:1903037 GO:1903039 GO:1903320 GO:1903321 GO:1903506 GO:1905051 GO:1905053 GO:1990904 GO:2000112 GO:2000113 GO:2000116 GO:2001020 GO:2001021 GO:2001022 GO:2001056 GO:2001141 GO:2001233 GO:2001235 GO:2001242 GO:2001244 GO:2001270 GO:2001272
KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
ko03010 map03010
Pfam Domains
Protein Families
KH_2 Ribosomal_S3_C

Protein Analysis

90

Amino Acids

9.77

Weight (kDa)

6.53

Isoelectric Point (pI)

46.47

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
Loading...
Style Settings
Image
Tree File
Tip: Beautify your tree with professional tools

Download the Full Tree (.nwk) file, then upload it to any of the following tools to customize colors, fonts, annotations, clades, and branch support.

Publication-ready
iTOL Interactive Tree Of Life · Most popular EvolView Flexible annotations MEGA Desktop phylogenetics suite FigTree Desktop tree editor

Orthologous Genes (Group: OG0021541)

Species Orthologous Gene IDs
rosa_laevigata RLG00000011211 RLG00000036486 RLG00000036670
rosa_multiflora Rmu_sc0000407.1_g000002
rosa_roxburghii Rroxscaffold_7G00166290

Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AciI CCGC 2 cut(s) 182, 240
AcyI GRCGYC 1 cut(s) 33
AgsI TTSAA 1 cut(s) 13
AjnI CCWGG 1 cut(s) 61
AluBI AGCT 1 cut(s) 94
AluI AGCT 1 cut(s) 94
AoxI GGCC 2 cut(s) 103, 120
AspLEI GCGC 1 cut(s) 58
AspS9I GGNCC 1 cut(s) 197
AsuC2I CCSGG 1 cut(s) 43
AvaII GGWCC 1 cut(s) 197
BcgI CGANNNNNNTGC 2 cut(s) 161, 195
BciT130I CCWGG 1 cut(s) 63
BcnI CCSGG 1 cut(s) 43
BfaI CTAG 1 cut(s) 237
BfoI RGCGCY 1 cut(s) 59
BisI GCNGC 1 cut(s) 241
BlsI GCNGC 1 cut(s) 242
Bme1390I CCNGG 2 cut(s) 43, 63
Bme18I GGWCC 1 cut(s) 197
BmgT120I GGNCC 1 cut(s) 197
BmiI GGNNCC 1 cut(s) 198
BmrFI CCNGG 2 cut(s) 43, 63
BmsI GCATC 1 cut(s) 158
BplI GAGNNNNNCTC 2 cut(s) 64, 96
BpuEI CTTGAG 1 cut(s) 212
BpuMI CCSGG 1 cut(s) 43
BsaHI GRCGYC 1 cut(s) 33
BsaJI CCNNGG 2 cut(s) 42, 200
BseBI CCWGG 1 cut(s) 63
BseDI CCNNGG 2 cut(s) 42, 200
BseGI GGATG 1 cut(s) 173
BseMII CTCAG 1 cut(s) 112
BshFI GGCC 2 cut(s) 105, 122
BsiSI CCGG 1 cut(s) 42
BslFI GGGAC 1 cut(s) 210
BsmFI GGGAC 1 cut(s) 210
BsnI GGCC 2 cut(s) 105, 122
Bsp143I GATC 1 cut(s) 77
BspACI CCGC 2 cut(s) 182, 240
BspANI GGCC 2 cut(s) 105, 122
BspCNI CTCAG 1 cut(s) 111
BspLI GGNNCC 1 cut(s) 198
BssECI CCNNGG 2 cut(s) 42, 200
BssMI GATC 1 cut(s) 77
BssNI GRCGYC 1 cut(s) 33
Bst2UI CCWGG 1 cut(s) 63
Bst6I CTCTTC 2 cut(s) 63, 87
BstACI GRCGYC 1 cut(s) 33
BstAPI GCANNNNNTGC 1 cut(s) 123
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 124
BstDEI CTNAG 1 cut(s) 98
BstF5I GGATG 1 cut(s) 173
BstH2I RGCGCY 1 cut(s) 59
BstHHI GCGC 1 cut(s) 58
BstKTI GATC 1 cut(s) 80
BstMBI GATC 1 cut(s) 77
BstMWI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 53, 123
BstNI CCWGG 1 cut(s) 63
BstSCI CCNGG 2 cut(s) 41, 61
BsuRI GGCC 2 cut(s) 105, 122
BtsCI GGATG 1 cut(s) 173
BtsI GCAGTG 1 cut(s) 250
BtsIMutI CAGTG 1 cut(s) 250
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 124
CfoI GCGC 1 cut(s) 58
Cfr13I GGNCC 1 cut(s) 197
CseI GACGC 1 cut(s) 22
CviAII CATG 2 cut(s) 118, 148
CviJI RGCY 3 cut(s) 94, 105, 122
CviKI_1 RGCY 3 cut(s) 94, 105, 122
DdeI CTNAG 1 cut(s) 98
DpnI GATC 1 cut(s) 79
DpnII GATC 1 cut(s) 77
Eam1104I CTCTTC 2 cut(s) 63, 87
EarI CTCTTC 2 cut(s) 63, 87
Eco147I AGGCCT 1 cut(s) 105
Eco47I GGWCC 1 cut(s) 197
EcoRII CCWGG 1 cut(s) 61
FaeI CATG 2 cut(s) 121, 151
FaiI YATR 3 cut(s) 119, 129, 149
FaqI GGGAC 1 cut(s) 210
FatI CATG 2 cut(s) 117, 147
FauI CCCGC 1 cut(s) 175
Fnu4HI GCNGC 1 cut(s) 241
FokI GGATG 1 cut(s) 180
Fsp4HI GCNGC 1 cut(s) 241
FspBI CTAG 1 cut(s) 237
GlaI GCGC 1 cut(s) 57
GluI GCNGC 1 cut(s) 241
HaeII RGCGCY 1 cut(s) 59
HaeIII GGCC 2 cut(s) 105, 122
HapII CCGG 1 cut(s) 42
HgaI GACGC 1 cut(s) 22
HhaI GCGC 1 cut(s) 58
Hin1I GRCGYC 1 cut(s) 33
Hin1II CATG 2 cut(s) 121, 151
Hin6I GCGC 1 cut(s) 56
HinP1I GCGC 1 cut(s) 56
HindIII AAGCTT 1 cut(s) 92
HinfI GANTC 3 cut(s) 73, 187, 206
HpaII CCGG 1 cut(s) 42
Hpy188I TCNGA 3 cut(s) 101, 211, 272
Hpy188III TCNNGA 1 cut(s) 191
Hpy99I CGWCG 3 cut(s) 32, 38, 41
HpyCH4V TGCA 2 cut(s) 4, 161
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 53, 123
HpyF3I CTNAG 1 cut(s) 98
Hsp92I GRCGYC 1 cut(s) 33
Hsp92II CATG 2 cut(s) 121, 151
HspAI GCGC 1 cut(s) 56
Kzo9I GATC 1 cut(s) 77
LpnPI CCDG 5 cut(s) 48, 55, 75, 123, 136
LweI GCATC 1 cut(s) 158
MaeI CTAG 1 cut(s) 237
MalI GATC 1 cut(s) 79
MboI GATC 1 cut(s) 77
MboII GAAGA 2 cut(s) 74, 80
MluCI AATT 1 cut(s) 177
MlyI GAGTC 2 cut(s) 82, 215
MmeI TCCRAC 1 cut(s) 189
MnlI CCTC 7 cut(s) 46, 95, 166, 187, 195, 214, 225
MspI CCGG 1 cut(s) 42
MspR9I CCNGG 2 cut(s) 43, 63
MvaI CCWGG 1 cut(s) 63
MwoI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 53, 123
NciI CCSGG 1 cut(s) 43
NdeII GATC 1 cut(s) 77
NlaIII CATG 2 cut(s) 121, 151
NlaIV GGNNCC 1 cut(s) 198
PceI AGGCCT 1 cut(s) 105
PcsI WCGNNNNNNNCGW 1 cut(s) 33
PfeI GAWTC 1 cut(s) 187
PkrI GCNGC 1 cut(s) 242
PleI GAGTC 2 cut(s) 81, 214
PpsI GAGTC 2 cut(s) 81, 214
Psp6I CCWGG 1 cut(s) 61
PspGI CCWGG 1 cut(s) 61
PspN4I GGNNCC 1 cut(s) 198
PspPI GGNCC 1 cut(s) 197
SatI GCNGC 1 cut(s) 241
Sau3AI GATC 1 cut(s) 77
Sau96I GGNCC 1 cut(s) 197
SchI GAGTC 2 cut(s) 82, 215
ScrFI CCNGG 2 cut(s) 43, 63
SetI ASST 5 cut(s) 96, 112, 177, 225, 264
SfaNI GCATC 1 cut(s) 158
SinI GGWCC 1 cut(s) 197
SmlI CTYRAG 1 cut(s) 191
SmoI CTYRAG 1 cut(s) 191
Sse9I AATT 1 cut(s) 177
SseBI AGGCCT 1 cut(s) 105
SsiI CCGC 2 cut(s) 182, 240
SspMI CTAG 1 cut(s) 237
StuI AGGCCT 1 cut(s) 105
StyD4I CCNGG 2 cut(s) 41, 61
TaqI TCGA 2 cut(s) 51, 76
TaqII GACCGA 1 cut(s) 214
TasI AATT 1 cut(s) 177
TauI GCSGC 1 cut(s) 243
TfiI GAWTC 1 cut(s) 187
TscAI CASTG 1 cut(s) 250
TspRI CASTG 1 cut(s) 250
VpaK11BI GGWCC 1 cut(s) 197
XspI CTAG 1 cut(s) 237
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.