Rmu_sc0000407.1_g000002

ribosomal protein

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_multiflora
Rmu_sc0000407.1
OG0021541
Physical Location & Seq
Reverse (-)
11409 .. 11725
317 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
N/A

Sequence Viewer

Length: 273 bp
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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
ko03010 map03010
Pfam Domains
Protein Families
KH_2 Ribosomal_S3_C

Protein Analysis

90

Amino Acids

9.77

Weight (kDa)

6.53

Isoelectric Point (pI)

46.47

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
Domain Name Pfam ID Position E-value Description
Ribosomal_S3_C PF00189 29 - 72 2.2e-06 Ribosomal protein S3, C-terminal domain
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Orthologous Genes (Group: OG0021541)

Species Orthologous Gene IDs
rosa_laevigata RLG00000011211 RLG00000036486 RLG00000036670
rosa_multiflora Rmu_sc0000407.1_g000002
rosa_roxburghii Rroxscaffold_7G00166290

Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AciI CCGC 2 cut(s) 182, 240
AcyI GRCGYC 1 cut(s) 33
AgsI TTSAA 1 cut(s) 13
AjnI CCWGG 1 cut(s) 61
AluBI AGCT 1 cut(s) 94
AluI AGCT 1 cut(s) 94
AoxI GGCC 2 cut(s) 103, 120
AspLEI GCGC 1 cut(s) 58
AspS9I GGNCC 1 cut(s) 197
AsuC2I CCSGG 1 cut(s) 43
AvaII GGWCC 1 cut(s) 197
BcgI CGANNNNNNTGC 2 cut(s) 161, 195
BciT130I CCWGG 1 cut(s) 63
BcnI CCSGG 1 cut(s) 43
BfaI CTAG 1 cut(s) 237
BfoI RGCGCY 1 cut(s) 59
BisI GCNGC 1 cut(s) 241
BlsI GCNGC 1 cut(s) 242
Bme1390I CCNGG 2 cut(s) 43, 63
Bme18I GGWCC 1 cut(s) 197
BmgT120I GGNCC 1 cut(s) 197
BmiI GGNNCC 1 cut(s) 198
BmrFI CCNGG 2 cut(s) 43, 63
BmsI GCATC 1 cut(s) 158
BplI GAGNNNNNCTC 2 cut(s) 64, 96
BpuEI CTTGAG 1 cut(s) 212
BpuMI CCSGG 1 cut(s) 43
BsaHI GRCGYC 1 cut(s) 33
BsaJI CCNNGG 2 cut(s) 42, 200
BseBI CCWGG 1 cut(s) 63
BseDI CCNNGG 2 cut(s) 42, 200
BseGI GGATG 1 cut(s) 173
BseMII CTCAG 1 cut(s) 112
BshFI GGCC 2 cut(s) 105, 122
BsiSI CCGG 1 cut(s) 42
BslFI GGGAC 1 cut(s) 210
BsmFI GGGAC 1 cut(s) 210
BsnI GGCC 2 cut(s) 105, 122
Bsp143I GATC 1 cut(s) 77
BspACI CCGC 2 cut(s) 182, 240
BspANI GGCC 2 cut(s) 105, 122
BspCNI CTCAG 1 cut(s) 111
BspLI GGNNCC 1 cut(s) 198
BssECI CCNNGG 2 cut(s) 42, 200
BssMI GATC 1 cut(s) 77
BssNI GRCGYC 1 cut(s) 33
Bst2UI CCWGG 1 cut(s) 63
Bst6I CTCTTC 2 cut(s) 63, 87
BstACI GRCGYC 1 cut(s) 33
BstAPI GCANNNNNTGC 1 cut(s) 123
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 124
BstDEI CTNAG 1 cut(s) 98
BstF5I GGATG 1 cut(s) 173
BstH2I RGCGCY 1 cut(s) 59
BstHHI GCGC 1 cut(s) 58
BstKTI GATC 1 cut(s) 80
BstMBI GATC 1 cut(s) 77
BstMWI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 53, 123
BstNI CCWGG 1 cut(s) 63
BstSCI CCNGG 2 cut(s) 41, 61
BsuRI GGCC 2 cut(s) 105, 122
BtsCI GGATG 1 cut(s) 173
BtsI GCAGTG 1 cut(s) 250
BtsIMutI CAGTG 1 cut(s) 250
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 124
CfoI GCGC 1 cut(s) 58
Cfr13I GGNCC 1 cut(s) 197
CseI GACGC 1 cut(s) 22
CviAII CATG 2 cut(s) 118, 148
CviJI RGCY 3 cut(s) 94, 105, 122
CviKI_1 RGCY 3 cut(s) 94, 105, 122
DdeI CTNAG 1 cut(s) 98
DpnI GATC 1 cut(s) 79
DpnII GATC 1 cut(s) 77
Eam1104I CTCTTC 2 cut(s) 63, 87
EarI CTCTTC 2 cut(s) 63, 87
Eco147I AGGCCT 1 cut(s) 105
Eco47I GGWCC 1 cut(s) 197
EcoRII CCWGG 1 cut(s) 61
FaeI CATG 2 cut(s) 121, 151
FaiI YATR 3 cut(s) 119, 129, 149
FaqI GGGAC 1 cut(s) 210
FatI CATG 2 cut(s) 117, 147
FauI CCCGC 1 cut(s) 175
Fnu4HI GCNGC 1 cut(s) 241
FokI GGATG 1 cut(s) 180
Fsp4HI GCNGC 1 cut(s) 241
FspBI CTAG 1 cut(s) 237
GlaI GCGC 1 cut(s) 57
GluI GCNGC 1 cut(s) 241
HaeII RGCGCY 1 cut(s) 59
HaeIII GGCC 2 cut(s) 105, 122
HapII CCGG 1 cut(s) 42
HgaI GACGC 1 cut(s) 22
HhaI GCGC 1 cut(s) 58
Hin1I GRCGYC 1 cut(s) 33
Hin1II CATG 2 cut(s) 121, 151
Hin6I GCGC 1 cut(s) 56
HinP1I GCGC 1 cut(s) 56
HindIII AAGCTT 1 cut(s) 92
HinfI GANTC 3 cut(s) 73, 187, 206
HpaII CCGG 1 cut(s) 42
Hpy188I TCNGA 3 cut(s) 101, 211, 272
Hpy188III TCNNGA 1 cut(s) 191
Hpy99I CGWCG 3 cut(s) 32, 38, 41
HpyCH4V TGCA 2 cut(s) 4, 161
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 53, 123
HpyF3I CTNAG 1 cut(s) 98
Hsp92I GRCGYC 1 cut(s) 33
Hsp92II CATG 2 cut(s) 121, 151
HspAI GCGC 1 cut(s) 56
Kzo9I GATC 1 cut(s) 77
LpnPI CCDG 5 cut(s) 48, 55, 75, 123, 136
LweI GCATC 1 cut(s) 158
MaeI CTAG 1 cut(s) 237
MalI GATC 1 cut(s) 79
MboI GATC 1 cut(s) 77
MboII GAAGA 2 cut(s) 74, 80
MluCI AATT 1 cut(s) 177
MlyI GAGTC 2 cut(s) 82, 215
MmeI TCCRAC 1 cut(s) 189
MnlI CCTC 7 cut(s) 46, 95, 166, 187, 195, 214, 225
MspI CCGG 1 cut(s) 42
MspR9I CCNGG 2 cut(s) 43, 63
MvaI CCWGG 1 cut(s) 63
MwoI GCNNNNNNNGC 2 cut(s) 53, 123
NciI CCSGG 1 cut(s) 43
NdeII GATC 1 cut(s) 77
NlaIII CATG 2 cut(s) 121, 151
NlaIV GGNNCC 1 cut(s) 198
PceI AGGCCT 1 cut(s) 105
PcsI WCGNNNNNNNCGW 1 cut(s) 33
PfeI GAWTC 1 cut(s) 187
PkrI GCNGC 1 cut(s) 242
PleI GAGTC 2 cut(s) 81, 214
PpsI GAGTC 2 cut(s) 81, 214
Psp6I CCWGG 1 cut(s) 61
PspGI CCWGG 1 cut(s) 61
PspN4I GGNNCC 1 cut(s) 198
PspPI GGNCC 1 cut(s) 197
SatI GCNGC 1 cut(s) 241
Sau3AI GATC 1 cut(s) 77
Sau96I GGNCC 1 cut(s) 197
SchI GAGTC 2 cut(s) 82, 215
ScrFI CCNGG 2 cut(s) 43, 63
SetI ASST 5 cut(s) 96, 112, 177, 225, 264
SfaNI GCATC 1 cut(s) 158
SinI GGWCC 1 cut(s) 197
SmlI CTYRAG 1 cut(s) 191
SmoI CTYRAG 1 cut(s) 191
Sse9I AATT 1 cut(s) 177
SseBI AGGCCT 1 cut(s) 105
SsiI CCGC 2 cut(s) 182, 240
SspMI CTAG 1 cut(s) 237
StuI AGGCCT 1 cut(s) 105
StyD4I CCNGG 2 cut(s) 41, 61
TaqI TCGA 2 cut(s) 51, 76
TaqII GACCGA 1 cut(s) 214
TasI AATT 1 cut(s) 177
TauI GCSGC 1 cut(s) 243
TfiI GAWTC 1 cut(s) 187
TscAI CASTG 1 cut(s) 250
TspRI CASTG 1 cut(s) 250
VpaK11BI GGWCC 1 cut(s) 197
XspI CTAG 1 cut(s) 237
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.