Rmu_sc0002723.1_g000002

RAB11A, member RAS oncogene family

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_multiflora
Rmu_sc0002723.1
OG0017856
Physical Location & Seq
Forward (+)
9327 .. 10407
1081 bp
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UTR
Exon/CDS
Intron
N/A

Sequence Viewer

Length: 333 bp
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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
Ras

Protein Analysis

110

Amino Acids

11.97

Weight (kDa)

9.78

Isoelectric Point (pI)

44.47

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AasI GACNNNNNNGTC 1 cut(s) 206
AccBSI CCGCTC 1 cut(s) 127
AccI GTMKAC 1 cut(s) 246
AccIII TCCGGA 1 cut(s) 36
AciI CCGC 1 cut(s) 125
AclWI GGATC 1 cut(s) 28
AcoI YGGCCR 2 cut(s) 256, 295
AcyI GRCGYC 1 cut(s) 207
AfaI GTAC 3 cut(s) 112, 180, 308
AfiI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 282, 283
AgeI ACCGGT 1 cut(s) 113
AjnI CCWGG 1 cut(s) 174
AluBI AGCT 1 cut(s) 254
AluI AGCT 1 cut(s) 254
Alw26I GTCTC 1 cut(s) 154
AlwI GGATC 1 cut(s) 28
Aor13HI TCCGGA 1 cut(s) 36
AoxI GGCC 4 cut(s) 86, 256, 273, 295
AsiGI ACCGGT 1 cut(s) 113
AspS9I GGNCC 7 cut(s) 29, 39, 86, 96, 116, 121, 274
AvaII GGWCC 5 cut(s) 29, 39, 96, 116, 121
BalI TGGCCA 2 cut(s) 258, 297
BarI GAAGNNNNNNTAC 2 cut(s) 299, 331
BauI CACGAG 1 cut(s) 143
BciT130I CCWGG 1 cut(s) 176
BcoDI GTCTC 1 cut(s) 154
Bme1390I CCNGG 1 cut(s) 176
Bme18I GGWCC 5 cut(s) 29, 39, 96, 116, 121
BmgT120I GGNCC 7 cut(s) 29, 39, 86, 96, 116, 121, 274
BmiI GGNNCC 3 cut(s) 30, 98, 123
BmrFI CCNGG 1 cut(s) 176
BmsI GCATC 1 cut(s) 165
BpmI CTGGAG 1 cut(s) 214
BsaHI GRCGYC 1 cut(s) 207
BsaI GGTCTC 1 cut(s) 154
BsaJI CCNNGG 1 cut(s) 174
BsaWI WCCGGW 5 cut(s) 21, 36, 45, 113, 118
Bsc4I CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 282, 283
Bse118I RCCGGY 2 cut(s) 88, 113
BseAI TCCGGA 1 cut(s) 36
BseBI CCWGG 1 cut(s) 176
BseDI CCNNGG 1 cut(s) 174
BseLI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 282, 283
BseRI GAGGAG 1 cut(s) 215
BseYI CCCAGC 1 cut(s) 166
BshFI GGCC 4 cut(s) 88, 258, 275, 297
BshTI ACCGGT 1 cut(s) 113
BsiSI CCGG 7 cut(s) 22, 37, 46, 89, 114, 119, 204
BslFI GGGAC 5 cut(s) 42, 82, 107, 149, 299
BslI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 282, 283
BsmAI GTCTC 1 cut(s) 154
BsmFI GGGAC 5 cut(s) 42, 82, 107, 149, 299
BsnI GGCC 4 cut(s) 88, 258, 275, 297
Bso31I GGTCTC 1 cut(s) 154
Bsp13I TCCGGA 1 cut(s) 36
Bsp143I GATC 1 cut(s) 33
BspACI CCGC 1 cut(s) 125
BspANI GGCC 4 cut(s) 88, 258, 275, 297
BspEI TCCGGA 1 cut(s) 36
BspLI GGNNCC 3 cut(s) 30, 98, 123
BspPI GGATC 1 cut(s) 28
BspTNI GGTCTC 1 cut(s) 154
BsrBI CCGCTC 1 cut(s) 127
BsrFI RCCGGY 2 cut(s) 88, 113
BssAI RCCGGY 2 cut(s) 88, 113
BssECI CCNNGG 1 cut(s) 174
BssMI GATC 1 cut(s) 33
BssNI GRCGYC 1 cut(s) 207
BssSI CACGAG 1 cut(s) 143
Bst2BI CACGAG 1 cut(s) 143
Bst2UI CCWGG 1 cut(s) 176
Bst4CI ACNGT 1 cut(s) 43
Bst6I CTCTTC 1 cut(s) 328
BstACI GRCGYC 1 cut(s) 207
BstC8I GCNNGC 2 cut(s) 256, 295
BstKTI GATC 1 cut(s) 36
BstMAI GTCTC 1 cut(s) 154
BstMBI GATC 1 cut(s) 33
BstMWI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 204
BstNI CCWGG 1 cut(s) 176
BstSCI CCNGG 1 cut(s) 174
BsuRI GGCC 4 cut(s) 88, 258, 275, 297
BtsI GCAGTG 1 cut(s) 288
BtsIMutI CAGTG 2 cut(s) 113, 288
Cac8I GCNNGC 2 cut(s) 256, 295
Cfr10I RCCGGY 2 cut(s) 88, 113
Cfr13I GGNCC 7 cut(s) 29, 39, 86, 96, 116, 121, 274
CpoI CGGWCCG 2 cut(s) 39, 116
CseI GACGC 1 cut(s) 196
Csp6I GTAC 3 cut(s) 111, 179, 307
CspAI ACCGGT 1 cut(s) 113
CspI CGGWCCG 2 cut(s) 39, 116
CviJI RGCY 6 cut(s) 88, 170, 254, 258, 275, 297
CviKI_1 RGCY 6 cut(s) 88, 170, 254, 258, 275, 297
CviQI GTAC 3 cut(s) 111, 179, 307
DpnI GATC 1 cut(s) 35
DpnII GATC 1 cut(s) 33
DrdI GACNNNNNNGTC 1 cut(s) 206
DseDI GACNNNNNNGTC 1 cut(s) 206
EaeI YGGCCR 2 cut(s) 256, 295
Eam1104I CTCTTC 1 cut(s) 328
EarI CTCTTC 1 cut(s) 328
Eco31I GGTCTC 1 cut(s) 154
Eco47I GGWCC 5 cut(s) 29, 39, 96, 116, 121
EcoRII CCWGG 1 cut(s) 174
FaiI YATR 1 cut(s) 102
FaqI GGGAC 5 cut(s) 42, 82, 107, 149, 299
FauI CCCGC 1 cut(s) 132
FblI GTMKAC 1 cut(s) 246
GsaI CCCAGC 1 cut(s) 170
GsuI CTGGAG 1 cut(s) 214
HaeIII GGCC 4 cut(s) 88, 258, 275, 297
HapII CCGG 7 cut(s) 22, 37, 46, 89, 114, 119, 204
HgaI GACGC 1 cut(s) 196
Hin1I GRCGYC 1 cut(s) 207
HincII GTYRAC 1 cut(s) 247
HindII GTYRAC 1 cut(s) 247
HinfI GANTC 1 cut(s) 200
HpaII CCGG 7 cut(s) 22, 37, 46, 89, 114, 119, 204
Hpy166II GTNNAC 3 cut(s) 111, 181, 247
Hpy188III TCNNGA 2 cut(s) 37, 231
Hpy8I GTNNAC 3 cut(s) 111, 181, 247
Hpy99I CGWCG 3 cut(s) 212, 248, 251
HpyAV CCTTC 1 cut(s) 19
HpyCH4III ACNGT 1 cut(s) 43
HpyCH4IV ACGT 2 cut(s) 243, 249
HpyCH4V TGCA 1 cut(s) 156
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 204
HpySE526I ACGT 2 cut(s) 243, 249
Hsp92I GRCGYC 1 cut(s) 207
Kpn2I TCCGGA 1 cut(s) 36
Kzo9I GATC 1 cut(s) 33
LweI GCATC 1 cut(s) 165
MaeII ACGT 2 cut(s) 243, 249
MalI GATC 1 cut(s) 35
MbiI CCGCTC 1 cut(s) 127
MboI GATC 1 cut(s) 33
MboII GAAGA 2 cut(s) 310, 315
MlsI TGGCCA 2 cut(s) 258, 297
MluNI TGGCCA 2 cut(s) 258, 297
MlyI GAGTC 1 cut(s) 194
MnlI CCTC 4 cut(s) 152, 181, 236, 248
Mox20I TGGCCA 2 cut(s) 258, 297
MroI TCCGGA 1 cut(s) 36
MscI TGGCCA 2 cut(s) 258, 297
MseI TTAA 1 cut(s) 62
Msp20I TGGCCA 2 cut(s) 258, 297
MspI CCGG 7 cut(s) 22, 37, 46, 89, 114, 119, 204
MspR9I CCNGG 1 cut(s) 176
MvaI CCWGG 1 cut(s) 176
MwoI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 204
NdeII GATC 1 cut(s) 33
NlaIV GGNNCC 3 cut(s) 30, 98, 123
PinAI ACCGGT 1 cut(s) 113
PleI GAGTC 1 cut(s) 194
PpsI GAGTC 1 cut(s) 194
Psp6I CCWGG 1 cut(s) 174
PspFI CCCAGC 1 cut(s) 166
PspGI CCWGG 1 cut(s) 174
PspN4I GGNNCC 3 cut(s) 30, 98, 123
PspPI GGNCC 7 cut(s) 29, 39, 86, 96, 116, 121, 274
RsaI GTAC 3 cut(s) 112, 180, 308
RsaNI GTAC 3 cut(s) 111, 179, 307
Rsr2I CGGWCCG 2 cut(s) 39, 116
RsrII CGGWCCG 2 cut(s) 39, 116
SalI GTCGAC 1 cut(s) 245
SaqAI TTAA 1 cut(s) 62
Sau3AI GATC 1 cut(s) 33
Sau96I GGNCC 7 cut(s) 29, 39, 86, 96, 116, 121, 274
SchI GAGTC 1 cut(s) 194
ScrFI CCNGG 1 cut(s) 176
SetI ASST 4 cut(s) 180, 246, 252, 256
SfaNI GCATC 1 cut(s) 165
SgrDI CGTCGACG 1 cut(s) 245
SinI GGWCC 5 cut(s) 29, 39, 96, 116, 121
SsiI CCGC 1 cut(s) 125
StyD4I CCNGG 1 cut(s) 174
TaaI ACNGT 1 cut(s) 43
TaiI ACGT 2 cut(s) 246, 252
TaqI TCGA 1 cut(s) 246
TaqII GACCGA 4 cut(s) 20, 46, 84, 253
TatI WGTACW 1 cut(s) 306
Tru1I TTAA 1 cut(s) 62
Tru9I TTAA 1 cut(s) 62
TscAI CASTG 2 cut(s) 113, 295
TspRI CASTG 2 cut(s) 113, 295
VpaK11BI GGWCC 5 cut(s) 29, 39, 96, 116, 121
XcmI CCANNNNNNNNNTGG 1 cut(s) 191
XmiI GTMKAC 1 cut(s) 246
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.