Rh6CG050200

histone deacetylase

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_samantha
Chr6C
OG0018202
Physical Location & Seq
Reverse (-)
5062917 .. 5067357
4441 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
Rh6CG050200.1

Sequence Viewer

Length: 339 bp
ATGGAAGAGGACTCGTTTGGGGAGTGGCTATCAGAATCGTGCACAAACTTACAAGAACTGGAAAACCCAATTGTAGAAGACGACTTGGACTTGTTATATGGAGCTGAATCGGGTTGGGTCGATGCCCGCACATCCTGCGATCACCTGCCTTCTCTCTCCTCCGATCTCGTTCACATCCCCACCCCTGATACTCACTGCAACAGGTTACTGTCTTCTCAACAATTCTCTATTCGGGAATCTCTGTTTATAATTTGTTCTATCCAGTTTTACCCAGTTCTGAAATTTTGTTATACTAACTTAATGGGAATCAATAGCAAAACTAGATTCATAAAGGGTTAA
Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
No pathways identified.
Pfam Domains
Protein Families
zf-UBP

Protein Analysis

112

Amino Acids

12.75

Weight (kDa)

4.43

Isoelectric Point (pI)

45.38

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
Loading...
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Publication-ready
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AanI TTATAA 1 cut(s) 248
AarI CACCTGC 1 cut(s) 153
Acc36I ACCTGC 1 cut(s) 153
AciI CCGC 1 cut(s) 127
AcsI RAATTY 1 cut(s) 281
AluBI AGCT 1 cut(s) 104
AluI AGCT 1 cut(s) 104
Alw21I GWGCWC 1 cut(s) 44
Alw44I GTGCAC 1 cut(s) 40
ApaLI GTGCAC 1 cut(s) 40
ApoI RAATTY 1 cut(s) 281
AsuHPI GGTGA 1 cut(s) 134
BaeGI GKGCMC 1 cut(s) 44
BbsI GAAGAC 2 cut(s) 84, 204
Bbv12I GWGCWC 1 cut(s) 44
BfaI CTAG 1 cut(s) 321
BfuAI ACCTGC 1 cut(s) 153
BmrI ACTGGG 1 cut(s) 266
BmsI GCATC 1 cut(s) 112
BmuI ACTGGG 1 cut(s) 266
BpiI GAAGAC 2 cut(s) 84, 204
Bse1I ACTGG 3 cut(s) 63, 262, 272
BseGI GGATG 2 cut(s) 131, 174
BseNI ACTGG 3 cut(s) 63, 262, 272
BseRI GAGGAG 1 cut(s) 148
BseSI GKGCMC 1 cut(s) 44
BsiHKAI GWGCWC 1 cut(s) 44
Bsp1286I GDGCHC 1 cut(s) 44
Bsp143I GATC 2 cut(s) 139, 163
BspACI CCGC 1 cut(s) 127
BspMI ACCTGC 1 cut(s) 153
BsrI ACTGG 3 cut(s) 63, 262, 272
BssMI GATC 2 cut(s) 139, 163
Bst4CI ACNGT 1 cut(s) 210
BstAPI GCANNNNNTGC 1 cut(s) 135
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 127
BstF5I GGATG 2 cut(s) 131, 174
BstKTI GATC 2 cut(s) 142, 166
BstMBI GATC 2 cut(s) 139, 163
BstMWI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 135
BstSLI GKGCMC 1 cut(s) 44
BstV2I GAAGAC 2 cut(s) 84, 204
BtsCI GGATG 2 cut(s) 131, 174
BtsI GCAGTG 1 cut(s) 193
BtsIMutI CAGTG 1 cut(s) 193
BveI ACCTGC 1 cut(s) 153
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 127
CviJI RGCY 2 cut(s) 28, 104
CviKI_1 RGCY 2 cut(s) 28, 104
DpnI GATC 2 cut(s) 141, 165
DpnII GATC 2 cut(s) 139, 163
FaiI YATR 5 cut(s) 97, 99, 248, 291, 329
FauI CCCGC 1 cut(s) 134
FokI GGATG 2 cut(s) 118, 161
FspBI CTAG 1 cut(s) 321
HinfI GANTC 6 cut(s) 11, 35, 107, 236, 306, 324
HphI GGTGA 1 cut(s) 134
Hpy166II GTNNAC 2 cut(s) 42, 172
Hpy188I TCNGA 3 cut(s) 34, 163, 279
Hpy188III TCNNGA 1 cut(s) 233
Hpy8I GTNNAC 2 cut(s) 42, 172
HpyAV CCTTC 1 cut(s) 159
HpyCH4III ACNGT 1 cut(s) 210
HpyCH4V TGCA 2 cut(s) 42, 198
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 135
Kzo9I GATC 2 cut(s) 139, 163
LmnI GCTCC 1 cut(s) 101
LpnPI CCDG 7 cut(s) 44, 148, 158, 187, 198, 275, 285
LweI GCATC 1 cut(s) 112
MaeI CTAG 1 cut(s) 321
MaeIII GTNAC 1 cut(s) 204
MalI GATC 2 cut(s) 141, 165
MboI GATC 2 cut(s) 139, 163
MboII GAAGA 3 cut(s) 17, 89, 204
MfeI CAATTG 1 cut(s) 69
MhlI GDGCHC 1 cut(s) 44
MluCI AATT 4 cut(s) 69, 221, 249, 281
MlyI GAGTC 1 cut(s) 5
MnlI CCTC 1 cut(s) 169
MseI TTAA 2 cut(s) 299, 337
MunI CAATTG 1 cut(s) 69
MwoI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 135
NdeII GATC 2 cut(s) 139, 163
PaqCI CACCTGC 1 cut(s) 153
PfeI GAWTC 5 cut(s) 35, 107, 236, 306, 324
PleI GAGTC 1 cut(s) 5
PpsI GAGTC 1 cut(s) 5
PsiI TTATAA 1 cut(s) 248
SaqAI TTAA 2 cut(s) 299, 337
Sau3AI GATC 2 cut(s) 139, 163
SchI GAGTC 1 cut(s) 5
SduI GDGCHC 1 cut(s) 44
SetI ASST 3 cut(s) 106, 147, 206
SfaNI GCATC 1 cut(s) 112
Sse9I AATT 4 cut(s) 69, 221, 249, 281
SsiI CCGC 1 cut(s) 127
SspMI CTAG 1 cut(s) 321
TaaI ACNGT 1 cut(s) 210
TaqI TCGA 1 cut(s) 120
TasI AATT 4 cut(s) 69, 221, 249, 281
TfiI GAWTC 5 cut(s) 35, 107, 236, 306, 324
Tru1I TTAA 2 cut(s) 299, 337
Tru9I TTAA 2 cut(s) 299, 337
TscAI CASTG 1 cut(s) 200
TspDTI ATGAA 1 cut(s) 316
TspRI CASTG 1 cut(s) 200
VneI GTGCAC 1 cut(s) 40
XapI RAATTY 1 cut(s) 281
XspI CTAG 1 cut(s) 321
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.