Rh2DG565400

to Saccharomyces cerevisiae HSL1 (YKL101W)

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_samantha
Chr2D
OG0015671
Physical Location & Seq
Reverse (-)
79542574 .. 79544069
1496 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
Rh2DG565400.1

Sequence Viewer

Length: 315 bp
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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
ko04011 ko04111 map04011 map04111
Pfam Domains
Protein Families
Fungal_KA1 Pkinase

Protein Analysis

104

Amino Acids

12.4

Weight (kDa)

9.51

Isoelectric Point (pI)

42.15

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
Domain Name Pfam ID Position E-value Description
Pkinase PF00069 3 - 93 1.5e-20 Protein kinase domain
PK_Tyr_Ser-Thr PF07714 4 - 93 9.7e-14 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
Loading...
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AccB1I GGYRCC 1 cut(s) 304
AcuI CTGAAG 1 cut(s) 168
AgsI TTSAA 3 cut(s) 22, 232, 274
AluBI AGCT 2 cut(s) 158, 178
AluI AGCT 2 cut(s) 158, 178
Alw26I GTCTC 1 cut(s) 277
BaeI ACNNNNGTAYC 2 cut(s) 157, 190
BanI GGYRCC 1 cut(s) 304
BccI CCATC 1 cut(s) 88
BcoDI GTCTC 1 cut(s) 277
BfaI CTAG 1 cut(s) 237
BmiI GGNNCC 1 cut(s) 306
BoxI GACNNNNGTC 1 cut(s) 289
BsaBI GATNNNNATC 1 cut(s) 117
Bse8I GATNNNNATC 1 cut(s) 117
BseGI GGATG 3 cut(s) 99, 118, 259
BseJI GATNNNNATC 1 cut(s) 117
BshNI GGYRCC 1 cut(s) 304
BslFI GGGAC 1 cut(s) 151
BsmAI GTCTC 1 cut(s) 277
BsmFI GGGAC 1 cut(s) 151
BspHI TCATGA 1 cut(s) 184
BspLI GGNNCC 1 cut(s) 306
BspT107I GGYRCC 1 cut(s) 304
Bst4CI ACNGT 1 cut(s) 288
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 160
BstF5I GGATG 3 cut(s) 99, 118, 259
BstMAI GTCTC 1 cut(s) 277
BstMWI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 22
BstPAI GACNNNNGTC 1 cut(s) 289
BtsCI GGATG 3 cut(s) 99, 118, 259
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 160
CciI TCATGA 1 cut(s) 184
CviAII CATG 1 cut(s) 185
CviJI RGCY 2 cut(s) 158, 178
CviKI_1 RGCY 2 cut(s) 158, 178
Eco57I CTGAAG 1 cut(s) 168
FaeI CATG 1 cut(s) 188
FaiI YATR 8 cut(s) 38, 48, 63, 76, 78, 83, 186, 204
FaqI GGGAC 1 cut(s) 151
FatI CATG 1 cut(s) 184
FokI GGATG 3 cut(s) 106, 125, 266
FspBI CTAG 1 cut(s) 237
Hin1II CATG 1 cut(s) 188
HinfI GANTC 1 cut(s) 217
Hpy188III TCNNGA 2 cut(s) 185, 224
HpyAV CCTTC 2 cut(s) 63, 143
HpyCH4III ACNGT 1 cut(s) 288
HpyCH4V TGCA 1 cut(s) 125
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 22
Hsp92II CATG 1 cut(s) 188
LpnPI CCDG 2 cut(s) 279, 287
MaeI CTAG 1 cut(s) 237
MluCI AATT 1 cut(s) 258
MseI TTAA 3 cut(s) 143, 261, 313
MwoI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 22
NlaIII CATG 1 cut(s) 188
NlaIV GGNNCC 1 cut(s) 306
PagI TCATGA 1 cut(s) 184
PfeI GAWTC 1 cut(s) 217
PshAI GACNNNNGTC 1 cut(s) 289
PspN4I GGNNCC 1 cut(s) 306
SaqAI TTAA 3 cut(s) 143, 261, 313
SetI ASST 3 cut(s) 160, 180, 238
SgeI CNNG 8 cut(s) 54, 134, 171, 197, 236, 249, 262, 306
Sse9I AATT 1 cut(s) 258
SspI AATATT 1 cut(s) 34
SspMI CTAG 1 cut(s) 237
TaaI ACNGT 1 cut(s) 288
TasI AATT 1 cut(s) 258
TfiI GAWTC 1 cut(s) 217
Tru1I TTAA 3 cut(s) 143, 261, 313
Tru9I TTAA 3 cut(s) 143, 261, 313
TspDTI ATGAA 4 cut(s) 101, 173, 209, 270
TspGWI ACGGA 1 cut(s) 161
XspI CTAG 1 cut(s) 237
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.