Rh5DG127900

CTP binding

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_samantha
Chr5D
OG0004549
Physical Location & Seq
Forward (+)
12024248 .. 12027569
3322 bp
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UTR
Exon/CDS
Intron
Rh5DG127900.1

Sequence Viewer

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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
HATPase_c HSP90

Protein Analysis

175

Amino Acids

19.75

Weight (kDa)

5.1

Isoelectric Point (pI)

39.0

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Publication-ready
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AccB1I GGYRCC 1 cut(s) 339
AccIII TCCGGA 1 cut(s) 12
AciI CCGC 2 cut(s) 41, 46
AcsI RAATTY 2 cut(s) 16, 348
AfaI GTAC 1 cut(s) 323
AfiI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 47, 331
AgsI TTSAA 3 cut(s) 149, 197, 245
AjnI CCWGG 1 cut(s) 22
AjuI GAANNNNNNNTTGG 2 cut(s) 141, 173
AluBI AGCT 2 cut(s) 89, 213
AluI AGCT 2 cut(s) 89, 213
Alw26I GTCTC 1 cut(s) 14
Aor13HI TCCGGA 1 cut(s) 12
AoxI GGCC 1 cut(s) 489
ApeKI GCWGC 6 cut(s) 43, 89, 92, 95, 366, 374
ApoI RAATTY 2 cut(s) 16, 348
AspS9I GGNCC 3 cut(s) 27, 55, 380
AsuC2I CCSGG 1 cut(s) 59
AvaII GGWCC 3 cut(s) 27, 55, 380
BaeGI GKGCMC 1 cut(s) 231
BanI GGYRCC 1 cut(s) 339
BbvI GCAGC 6 cut(s) 30, 76, 79, 82, 361, 378
BccI CCATC 1 cut(s) 200
BcgI CGANNNNNNTGC 2 cut(s) 74, 108
BciT130I CCWGG 1 cut(s) 24
BcnI CCSGG 1 cut(s) 59
BcoDI GTCTC 1 cut(s) 14
BfaI CTAG 1 cut(s) 177
BisI GCNGC 7 cut(s) 41, 44, 90, 93, 96, 367, 375
BlsI GCNGC 7 cut(s) 42, 45, 91, 94, 97, 368, 376
Bme1390I CCNGG 2 cut(s) 24, 59
Bme18I GGWCC 3 cut(s) 27, 55, 380
BmgT120I GGNCC 3 cut(s) 27, 55, 380
BmiI GGNNCC 2 cut(s) 28, 341
BmrFI CCNGG 2 cut(s) 24, 59
BmsI GCATC 1 cut(s) 270
BpuMI CCSGG 1 cut(s) 59
BsaJI CCNNGG 4 cut(s) 23, 223, 315, 361
BsaWI WCCGGW 1 cut(s) 12
Bsc4I CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 47, 331
Bse3DI GCAATG 1 cut(s) 325
BseAI TCCGGA 1 cut(s) 12
BseBI CCWGG 1 cut(s) 24
BseDI CCNNGG 4 cut(s) 23, 223, 315, 361
BseLI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 47, 331
BseMI GCAATG 1 cut(s) 325
BseSI GKGCMC 1 cut(s) 231
BseXI GCAGC 6 cut(s) 30, 76, 79, 82, 361, 378
BshFI GGCC 1 cut(s) 491
BshNI GGYRCC 1 cut(s) 339
BsiSI CCGG 2 cut(s) 13, 58
BslI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 47, 331
BsmAI GTCTC 1 cut(s) 14
BsnI GGCC 1 cut(s) 491
Bsp1286I GDGCHC 1 cut(s) 231
Bsp13I TCCGGA 1 cut(s) 12
BspACI CCGC 2 cut(s) 41, 46
BspANI GGCC 1 cut(s) 491
BspEI TCCGGA 1 cut(s) 12
BspLI GGNNCC 2 cut(s) 28, 341
BspT107I GGYRCC 1 cut(s) 339
BsrDI GCAATG 1 cut(s) 325
BssECI CCNNGG 4 cut(s) 23, 223, 315, 361
BssT1I CCWWGG 3 cut(s) 223, 315, 361
Bst2UI CCWGG 1 cut(s) 24
Bst4CI ACNGT 2 cut(s) 8, 69
Bst6I CTCTTC 2 cut(s) 444, 459
BstMAI GTCTC 1 cut(s) 14
BstMWI GCNNNNNNNGC 3 cut(s) 95, 163, 366
BstNI CCWGG 1 cut(s) 24
BstSCI CCNGG 2 cut(s) 22, 57
BstSLI GKGCMC 1 cut(s) 231
BstV1I GCAGC 6 cut(s) 30, 76, 79, 82, 361, 378
BsuRI GGCC 1 cut(s) 491
Cfr13I GGNCC 3 cut(s) 27, 55, 380
CseI GACGC 1 cut(s) 208
Csp6I GTAC 1 cut(s) 322
CviAII CATG 4 cut(s) 284, 353, 394, 481
CviJI RGCY 9 cut(s) 62, 89, 143, 157, 213, 254, 360, 374, 491
CviKI_1 RGCY 9 cut(s) 62, 89, 143, 157, 213, 254, 360, 374, 491
CviQI GTAC 1 cut(s) 322
Eam1104I CTCTTC 2 cut(s) 444, 459
EarI CTCTTC 2 cut(s) 444, 459
Eco130I CCWWGG 3 cut(s) 223, 315, 361
Eco47I GGWCC 3 cut(s) 27, 55, 380
EcoO109I RGGNCCY 1 cut(s) 27
EcoRII CCWGG 1 cut(s) 22
EcoT14I CCWWGG 3 cut(s) 223, 315, 361
ErhI CCWWGG 3 cut(s) 223, 315, 361
FaeI CATG 4 cut(s) 287, 356, 397, 484
FaiI YATR 5 cut(s) 285, 354, 395, 430, 482
FatI CATG 4 cut(s) 283, 352, 393, 480
FauI CCCGC 1 cut(s) 39
Fnu4HI GCNGC 7 cut(s) 41, 44, 90, 93, 96, 367, 375
Fsp4HI GCNGC 7 cut(s) 41, 44, 90, 93, 96, 367, 375
FspBI CTAG 1 cut(s) 177
GluI GCNGC 7 cut(s) 41, 44, 90, 93, 96, 367, 375
HaeIII GGCC 1 cut(s) 491
HapII CCGG 2 cut(s) 13, 58
HgaI GACGC 1 cut(s) 208
Hin1II CATG 4 cut(s) 287, 356, 397, 484
HinfI GANTC 2 cut(s) 125, 245
HpaII CCGG 2 cut(s) 13, 58
Hpy166II GTNNAC 1 cut(s) 322
Hpy188I TCNGA 1 cut(s) 274
Hpy188III TCNNGA 3 cut(s) 13, 203, 309
Hpy8I GTNNAC 1 cut(s) 322
HpyAV CCTTC 2 cut(s) 439, 463
HpyCH4III ACNGT 2 cut(s) 8, 69
HpyCH4V TGCA 3 cut(s) 73, 330, 428
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 3 cut(s) 95, 163, 366
Hsp92II CATG 4 cut(s) 287, 356, 397, 484
Kpn2I TCCGGA 1 cut(s) 12
LmnI GCTCC 1 cut(s) 210
LpnPI CCDG 9 cut(s) 9, 26, 36, 71, 96, 363, 396, 473, 506
Lsp1109I GCAGC 6 cut(s) 30, 76, 79, 82, 361, 378
LweI GCATC 1 cut(s) 270
MaeI CTAG 1 cut(s) 177
MboII GAAGA 2 cut(s) 461, 476
MhlI GDGCHC 1 cut(s) 231
MluCI AATT 4 cut(s) 16, 131, 294, 348
MnlI CCTC 3 cut(s) 40, 118, 445
MroI TCCGGA 1 cut(s) 12
MseI TTAA 1 cut(s) 441
MslI CAYNNNNRTG 1 cut(s) 204
MspA1I CMGCKG 1 cut(s) 43
MspI CCGG 2 cut(s) 13, 58
MspR9I CCNGG 2 cut(s) 24, 59
MvaI CCWGG 1 cut(s) 24
MwoI GCNNNNNNNGC 3 cut(s) 95, 163, 366
NciI CCSGG 1 cut(s) 59
NlaIII CATG 4 cut(s) 287, 356, 397, 484
NlaIV GGNNCC 2 cut(s) 28, 341
PfeI GAWTC 2 cut(s) 125, 245
PkrI GCNGC 7 cut(s) 42, 45, 91, 94, 97, 368, 376
PpuMI RGGWCCY 1 cut(s) 27
Psp5II RGGWCCY 1 cut(s) 27
Psp6I CCWGG 1 cut(s) 22
PspGI CCWGG 1 cut(s) 22
PspN4I GGNNCC 2 cut(s) 28, 341
PspPI GGNCC 3 cut(s) 27, 55, 380
PspPPI RGGWCCY 1 cut(s) 27
RsaI GTAC 1 cut(s) 323
RsaNI GTAC 1 cut(s) 322
RseI CAYNNNNRTG 1 cut(s) 204
SaqAI TTAA 1 cut(s) 441
SatI GCNGC 7 cut(s) 41, 44, 90, 93, 96, 367, 375
Sau96I GGNCC 3 cut(s) 27, 55, 380
ScrFI CCNGG 2 cut(s) 24, 59
SduI GDGCHC 1 cut(s) 231
SetI ASST 6 cut(s) 91, 215, 317, 336, 385, 509
SfaNI GCATC 1 cut(s) 270
SinI GGWCC 3 cut(s) 27, 55, 380
SmiMI CAYNNNNRTG 1 cut(s) 204
Sse9I AATT 4 cut(s) 16, 131, 294, 348
SsiI CCGC 2 cut(s) 41, 46
SspMI CTAG 1 cut(s) 177
StyD4I CCNGG 2 cut(s) 22, 57
StyI CCWWGG 3 cut(s) 223, 315, 361
TaaI ACNGT 2 cut(s) 8, 69
TasI AATT 4 cut(s) 16, 131, 294, 348
TauI GCSGC 1 cut(s) 43
TfiI GAWTC 2 cut(s) 125, 245
Tru1I TTAA 1 cut(s) 441
Tru9I TTAA 1 cut(s) 441
TseI GCWGC 6 cut(s) 43, 89, 92, 95, 366, 374
TspDTI ATGAA 4 cut(s) 17, 300, 341, 477
TspGWI ACGGA 1 cut(s) 137
VpaK11BI GGWCC 3 cut(s) 27, 55, 380
XapI RAATTY 2 cut(s) 16, 348
XcmI CCANNNNNNNNNTGG 1 cut(s) 350
XspI CTAG 1 cut(s) 177
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.