Rh5DG128800

CTP binding

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
rosa_samantha
Chr5D
OG0004549
Physical Location & Seq
Forward (+)
12308402 .. 12336464
28063 bp
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UTR
Exon/CDS
Intron
Rh5DG128800.1

Sequence Viewer

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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
HATPase_c HSP90

Protein Analysis

196

Amino Acids

21.69

Weight (kDa)

8.09

Isoelectric Point (pI)

43.84

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
No Pfam domains detected for this protein.
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Publication-ready
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
Acc65I GGTACC 1 cut(s) 150
AccB1I GGYRCC 2 cut(s) 150, 168
AclWI GGATC 1 cut(s) 539
AcsI RAATTY 1 cut(s) 177
AcyI GRCGYC 1 cut(s) 399
AfaI GTAC 1 cut(s) 152
AfiI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 160, 395
AgsI TTSAA 1 cut(s) 567
AjnI CCWGG 1 cut(s) 547
AluBI AGCT 1 cut(s) 8
AluI AGCT 1 cut(s) 8
Alw26I GTCTC 3 cut(s) 348, 398, 406
AlwI GGATC 1 cut(s) 539
AoxI GGCC 1 cut(s) 318
ApeKI GCWGC 2 cut(s) 195, 203
ApoI RAATTY 1 cut(s) 177
Asp718I GGTACC 1 cut(s) 150
AspLEI GCGC 1 cut(s) 468
AspS9I GGNCC 3 cut(s) 209, 450, 552
AsuII TTCGAA 1 cut(s) 497
AvaII GGWCC 3 cut(s) 209, 450, 552
AxyI CCTNAGG 1 cut(s) 574
BanI GGYRCC 2 cut(s) 150, 168
BbvI GCAGC 2 cut(s) 190, 207
BciT130I CCWGG 1 cut(s) 549
BcoDI GTCTC 3 cut(s) 348, 398, 406
BisI GCNGC 2 cut(s) 196, 204
BlsI GCNGC 2 cut(s) 197, 205
Bme1390I CCNGG 1 cut(s) 549
Bme18I GGWCC 3 cut(s) 209, 450, 552
BmgT120I GGNCC 3 cut(s) 209, 450, 552
BmiI GGNNCC 4 cut(s) 152, 170, 451, 553
BmrFI CCNGG 1 cut(s) 549
Bpu14I TTCGAA 1 cut(s) 497
BsaHI GRCGYC 1 cut(s) 399
BsaI GGTCTC 1 cut(s) 348
BsaJI CCNNGG 3 cut(s) 139, 190, 548
BsaXI ACNNNNNCTCC 2 cut(s) 544, 574
Bsc4I CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 160, 395
Bse21I CCTNAGG 1 cut(s) 574
Bse3DI GCAATG 1 cut(s) 154
BseBI CCWGG 1 cut(s) 549
BseDI CCNNGG 3 cut(s) 139, 190, 548
BseLI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 160, 395
BseMI GCAATG 1 cut(s) 154
BseMII CTCAG 2 cut(s) 441, 588
BseRI GAGGAG 2 cut(s) 370, 373
BseXI GCAGC 2 cut(s) 190, 207
BshFI GGCC 1 cut(s) 320
BshNI GGYRCC 2 cut(s) 150, 168
BslFI GGGAC 2 cut(s) 474, 565
BslI CCNNNNNNNGG 2 cut(s) 160, 395
BsmAI GTCTC 3 cut(s) 348, 398, 406
BsmBI CGTCTC 1 cut(s) 406
BsmFI GGGAC 2 cut(s) 474, 565
BsnI GGCC 1 cut(s) 320
Bso31I GGTCTC 1 cut(s) 348
Bsp119I TTCGAA 1 cut(s) 497
Bsp143I GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
BspANI GGCC 1 cut(s) 320
BspCNI CTCAG 2 cut(s) 440, 587
BspLI GGNNCC 4 cut(s) 152, 170, 451, 553
BspPI GGATC 1 cut(s) 539
BspT104I TTCGAA 1 cut(s) 497
BspT107I GGYRCC 2 cut(s) 150, 168
BspTNI GGTCTC 1 cut(s) 348
BsrDI GCAATG 1 cut(s) 154
BssECI CCNNGG 3 cut(s) 139, 190, 548
BssMI GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
BssNI GRCGYC 1 cut(s) 399
BssT1I CCWWGG 2 cut(s) 139, 190
Bst2UI CCWGG 1 cut(s) 549
Bst4CI ACNGT 1 cut(s) 365
Bst6I CTCTTC 2 cut(s) 273, 288
BstACI GRCGYC 1 cut(s) 399
BstBI TTCGAA 1 cut(s) 497
BstC8I GCNNGC 1 cut(s) 424
BstDEI CTNAG 3 cut(s) 406, 427, 574
BstHHI GCGC 1 cut(s) 468
BstKTI GATC 3 cut(s) 437, 511, 547
BstMAI GTCTC 3 cut(s) 348, 398, 406
BstMBI GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
BstMWI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 195
BstNI CCWGG 1 cut(s) 549
BstSCI CCNGG 1 cut(s) 547
BstV1I GCAGC 2 cut(s) 190, 207
Bsu36I CCTNAGG 1 cut(s) 574
BsuRI GGCC 1 cut(s) 320
Cac8I GCNNGC 1 cut(s) 424
CfoI GCGC 1 cut(s) 468
Cfr13I GGNCC 3 cut(s) 209, 450, 552
CseI GACGC 2 cut(s) 3, 388
Csp6I GTAC 1 cut(s) 151
CviAII CATG 3 cut(s) 182, 223, 310
CviJI RGCY 5 cut(s) 8, 189, 203, 320, 426
CviKI_1 RGCY 5 cut(s) 8, 189, 203, 320, 426
CviQI GTAC 1 cut(s) 151
DdeI CTNAG 3 cut(s) 406, 427, 574
DpnI GATC 3 cut(s) 436, 510, 546
DpnII GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
Eam1104I CTCTTC 2 cut(s) 273, 288
EarI CTCTTC 2 cut(s) 273, 288
Eco130I CCWWGG 2 cut(s) 139, 190
Eco31I GGTCTC 1 cut(s) 348
Eco47I GGWCC 3 cut(s) 209, 450, 552
Eco81I CCTNAGG 1 cut(s) 574
EcoO109I RGGNCCY 1 cut(s) 450
EcoRII CCWGG 1 cut(s) 547
EcoT14I CCWWGG 2 cut(s) 139, 190
ErhI CCWWGG 2 cut(s) 139, 190
Esp3I CGTCTC 1 cut(s) 406
FaeI CATG 3 cut(s) 185, 226, 313
FaqI GGGAC 2 cut(s) 474, 565
FatI CATG 3 cut(s) 181, 222, 309
FauNDI CATATG 1 cut(s) 462
Fnu4HI GCNGC 2 cut(s) 196, 204
Fsp4HI GCNGC 2 cut(s) 196, 204
GlaI GCGC 1 cut(s) 467
GluI GCNGC 2 cut(s) 196, 204
HaeIII GGCC 1 cut(s) 320
HgaI GACGC 2 cut(s) 3, 388
HhaI GCGC 1 cut(s) 468
Hin1I GRCGYC 1 cut(s) 399
Hin1II CATG 3 cut(s) 185, 226, 313
Hin6I GCGC 1 cut(s) 466
HinP1I GCGC 1 cut(s) 466
HinfI GANTC 1 cut(s) 557
Hpy188I TCNGA 2 cut(s) 89, 430
Hpy188III TCNNGA 2 cut(s) 96, 133
Hpy99I CGWCG 1 cut(s) 369
HpyAV CCTTC 3 cut(s) 268, 292, 573
HpyCH4III ACNGT 1 cut(s) 365
HpyCH4V TGCA 3 cut(s) 159, 257, 422
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 195
HpyF3I CTNAG 3 cut(s) 406, 427, 574
Hsp92I GRCGYC 1 cut(s) 399
Hsp92II CATG 3 cut(s) 185, 226, 313
HspAI GCGC 1 cut(s) 466
KpnI GGTACC 1 cut(s) 154
Kzo9I GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
LmnI GCTCC 2 cut(s) 5, 31
Lsp1109I GCAGC 2 cut(s) 190, 207
MalI GATC 3 cut(s) 436, 510, 546
MboI GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
MboII GAAGA 2 cut(s) 290, 305
MluCI AATT 3 cut(s) 177, 493, 518
MmeI TCCRAC 2 cut(s) 53, 501
MnlI CCTC 5 cut(s) 274, 386, 391, 394, 583
MseI TTAA 1 cut(s) 270
MspR9I CCNGG 1 cut(s) 549
MvaI CCWGG 1 cut(s) 549
MwoI GCNNNNNNNGC 1 cut(s) 195
NdeI CATATG 1 cut(s) 462
NdeII GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
NlaIII CATG 3 cut(s) 185, 226, 313
NlaIV GGNNCC 4 cut(s) 152, 170, 451, 553
NmeAIII GCCGAG 1 cut(s) 375
NspV TTCGAA 1 cut(s) 497
PfeI GAWTC 1 cut(s) 557
PkrI GCNGC 2 cut(s) 197, 205
PpuMI RGGWCCY 1 cut(s) 450
Psp5II RGGWCCY 1 cut(s) 450
Psp6I CCWGG 1 cut(s) 547
PspGI CCWGG 1 cut(s) 547
PspN4I GGNNCC 4 cut(s) 152, 170, 451, 553
PspPI GGNCC 3 cut(s) 209, 450, 552
PspPPI RGGWCCY 1 cut(s) 450
RsaI GTAC 1 cut(s) 152
RsaNI GTAC 1 cut(s) 151
SaqAI TTAA 1 cut(s) 270
SatI GCNGC 2 cut(s) 196, 204
Sau3AI GATC 3 cut(s) 434, 508, 544
Sau96I GGNCC 3 cut(s) 209, 450, 552
ScrFI CCNGG 1 cut(s) 549
SetI ASST 6 cut(s) 10, 141, 165, 214, 338, 575
SfuI TTCGAA 1 cut(s) 497
SinI GGWCC 3 cut(s) 209, 450, 552
Sse9I AATT 3 cut(s) 177, 493, 518
StyD4I CCNGG 1 cut(s) 547
StyI CCWWGG 2 cut(s) 139, 190
TaaI ACNGT 1 cut(s) 365
TaqI TCGA 1 cut(s) 497
TaqII GACCGA 1 cut(s) 569
TasI AATT 3 cut(s) 177, 493, 518
TfiI GAWTC 1 cut(s) 557
Tru1I TTAA 1 cut(s) 270
Tru9I TTAA 1 cut(s) 270
TseI GCWGC 2 cut(s) 195, 203
TspDTI ATGAA 3 cut(s) 36, 170, 306
TspGWI ACGGA 1 cut(s) 378
VpaK11BI GGWCC 3 cut(s) 209, 450, 552
XapI RAATTY 1 cut(s) 177
XcmI CCANNNNNNNNNTGG 1 cut(s) 179
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.