AT5G02380

cellular response to zinc ion

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
arabidopsis_thaliana
5
OG0000858
Physical Location & Seq
Reverse (-)
506498 .. 507244
747 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
AT5G02380.1

Sequence Viewer

Length: 234 bp
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Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
Metallothio Metallothio_2

Protein Analysis

77

Amino Acids

7.77

Weight (kDa)

4.81

Isoelectric Point (pI)

49.93

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
Domain Name Pfam ID Position E-value Description
Metallothio_2 PF01439 1 - 76 4.1e-26 Metallothionein
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
Acc65I GGTACC 1 cut(s) 75
AccB1I GGYRCC 1 cut(s) 75
AciI CCGC 4 cut(s) 48, 60, 96, 195
AclWI GGATC 2 cut(s) 40, 205
AfaI GTAC 3 cut(s) 77, 146, 223
AfiI CCNNNNNNNGG 1 cut(s) 85
AluBI AGCT 1 cut(s) 21
AluI AGCT 1 cut(s) 21
Alw26I GTCTC 2 cut(s) 98, 155
AlwI GGATC 2 cut(s) 40, 205
Asp718I GGTACC 1 cut(s) 75
BaeI ACNNNNGTAYC 1 cut(s) 205
BanI GGYRCC 1 cut(s) 75
BcgI CGANNNNNNTGC 2 cut(s) 164, 198
BcoDI GTCTC 2 cut(s) 98, 155
BisI GCNGC 1 cut(s) 49
BlsI GCNGC 1 cut(s) 50
BmiI GGNNCC 1 cut(s) 77
BmsI GCATC 1 cut(s) 172
BoxI GACNNNNGTC 1 cut(s) 110
BsaJI CCNNGG 1 cut(s) 115
Bsc4I CCNNNNNNNGG 1 cut(s) 85
Bse3DI GCAATG 1 cut(s) 58
BseDI CCNNGG 1 cut(s) 115
BseLI CCNNNNNNNGG 1 cut(s) 85
BseMI GCAATG 1 cut(s) 58
BseMII CTCAG 1 cut(s) 155
BshNI GGYRCC 1 cut(s) 75
BsiSI CCGG 2 cut(s) 128, 156
BslI CCNNNNNNNGG 1 cut(s) 85
BsmAI GTCTC 2 cut(s) 98, 155
Bsp143I GATC 2 cut(s) 32, 197
BspACI CCGC 4 cut(s) 48, 60, 96, 195
BspCNI CTCAG 1 cut(s) 154
BspLI GGNNCC 1 cut(s) 77
BspPI GGATC 2 cut(s) 40, 205
BspT107I GGYRCC 1 cut(s) 75
BsrDI GCAATG 1 cut(s) 58
BssECI CCNNGG 1 cut(s) 115
BssMI GATC 2 cut(s) 32, 197
BstAPI GCANNNNNTGC 1 cut(s) 57
BstC8I GCNNGC 2 cut(s) 40, 187
BstDEI CTNAG 1 cut(s) 141
BstKTI GATC 2 cut(s) 35, 200
BstMAI GTCTC 2 cut(s) 98, 155
BstMBI GATC 2 cut(s) 32, 197
BstMWI GCNNNNNNNGC 3 cut(s) 48, 57, 66
BstPAI GACNNNNGTC 1 cut(s) 110
BstX2I RGATCY 2 cut(s) 32, 197
BstYI RGATCY 2 cut(s) 32, 197
BtgZI GCGATG 1 cut(s) 146
Cac8I GCNNGC 2 cut(s) 40, 187
Csp6I GTAC 3 cut(s) 76, 145, 222
CviJI RGCY 2 cut(s) 21, 152
CviKI_1 RGCY 2 cut(s) 21, 152
CviQI GTAC 3 cut(s) 76, 145, 222
DdeI CTNAG 1 cut(s) 141
DpnI GATC 2 cut(s) 34, 199
DpnII GATC 2 cut(s) 32, 197
Fnu4HI GCNGC 1 cut(s) 49
Fsp4HI GCNGC 1 cut(s) 49
GluI GCNGC 1 cut(s) 49
HapII CCGG 2 cut(s) 128, 156
HinfI GANTC 1 cut(s) 106
HpaII CCGG 2 cut(s) 128, 156
Hpy188I TCNGA 1 cut(s) 202
HpyCH4V TGCA 6 cut(s) 42, 69, 189, 207, 213, 228
HpyF10VI GCNNNNNNNGC 3 cut(s) 48, 57, 66
HpyF3I CTNAG 1 cut(s) 141
KpnI GGTACC 1 cut(s) 79
Kzo9I GATC 2 cut(s) 32, 197
LmnI GCTCC 1 cut(s) 130
LpnPI CCDG 4 cut(s) 52, 93, 141, 169
LweI GCATC 1 cut(s) 172
MalI GATC 2 cut(s) 34, 199
MboI GATC 2 cut(s) 32, 197
MflI RGATCY 2 cut(s) 32, 197
MlyI GAGTC 1 cut(s) 100
MnlI CCTC 3 cut(s) 56, 125, 142
MspI CCGG 2 cut(s) 128, 156
MwoI GCNNNNNNNGC 3 cut(s) 48, 57, 66
NdeII GATC 2 cut(s) 32, 197
NlaIV GGNNCC 1 cut(s) 77
NmeAIII GCCGAG 1 cut(s) 199
PkrI GCNGC 1 cut(s) 50
PleI GAGTC 1 cut(s) 100
PpsI GAGTC 1 cut(s) 100
PshAI GACNNNNGTC 1 cut(s) 110
PspN4I GGNNCC 1 cut(s) 77
PsrI GAACNNNNNNTAC 2 cut(s) 128, 160
PsuI RGATCY 2 cut(s) 32, 197
RsaI GTAC 3 cut(s) 77, 146, 223
RsaNI GTAC 3 cut(s) 76, 145, 222
SatI GCNGC 1 cut(s) 49
Sau3AI GATC 2 cut(s) 32, 197
SchI GAGTC 1 cut(s) 100
SetI ASST 4 cut(s) 23, 67, 77, 227
SfaNI GCATC 1 cut(s) 172
SsiI CCGC 4 cut(s) 48, 60, 96, 195
TauI GCSGC 1 cut(s) 51
TspDTI ATGAA 1 cut(s) 149
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.