MD12G1251600.v1.1

cellular response to molecule of fungal origin

Design Primers CRISPR Design

Basic Information

Type: gene
Biological Identity
malus_domestica
Chr12
OG0001240
Physical Location & Seq
Forward (+)
32107653 .. 32107943
291 bp
Loading structure...
UTR
Exon/CDS
Intron
MD12G1251600.v1.1.491

Sequence Viewer

Length: 291 bp
ATGACAAACGGATTCAAGAAGAAGTTAGGCGAAGGAGGTTTCAGAAGTGTTTACAGTGGAGAGCTTCCAAATGGAGTTCCGGTTGCCATAAAAGTCCTCAATGATTCTAAAGGAAATGGGGAAGATTTTATTAATGAACTGGGAACAATTGGCAAGATTCACCATGTTAACGTGGTTCGTCTACTTGGGTTTTCTGCAGGAGGAGGCAAGCGTGCTGTCATTTATGAGCTCATGCCGAACGGTTCTCTAGAGAAGTTTTCTCGCAACTTCCCAGTAGGTCACCCATTTTGA
Functional Annotation
Gene Ontology
Molecular Function
Biological Process
Cellular Component
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KEGG Pathways
Metabolic & Signaling
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Pfam Domains
Protein Families
B_lectin PAN_2 Pkinase Pkinase_Tyr SH2 S_locus_glycop

Protein Analysis

97

Amino Acids

10.32

Weight (kDa)

9.63

Isoelectric Point (pI)

21.81

Instability Index
Protein Domains (Pfam)
Domain Name Pfam ID Position E-value Description
PK_Tyr_Ser-Thr PF07714 5 - 87 3.3e-15 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
Pkinase PF00069 6 - 88 1.1e-09 Protein kinase domain
Hydrophobicity Profile (Kyte-Doolittle)
AI Structure Prediction Report
Calculating structure properties...

Genomic Context

Gene Family Tree

Species Filter
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Publication-ready
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Restriction Enzyme Sites

1 / 10
Enzyme Recognition Site Cut Count Positions (bp)
AccI GTMKAC 1 cut(s) 181
AgsI TTSAA 1 cut(s) 16
AluBI AGCT 2 cut(s) 64, 229
AluI AGCT 2 cut(s) 64, 229
Alw21I GWGCWC 1 cut(s) 231
AseI ATTAAT 1 cut(s) 132
AsuHPI GGTGA 2 cut(s) 152, 272
BanII GRGCYC 1 cut(s) 231
Bbv12I GWGCWC 1 cut(s) 231
BfaI CTAG 1 cut(s) 248
BfmI CTRYAG 1 cut(s) 195
BmrI ACTGGG 2 cut(s) 149, 266
BmuI ACTGGG 2 cut(s) 149, 266
BsaWI WCCGGW 1 cut(s) 79
BsaXI ACNNNNNCTCC 2 cut(s) 66, 96
Bse1I ACTGG 2 cut(s) 144, 272
BseNI ACTGG 2 cut(s) 144, 272
BseRI GAGGAG 1 cut(s) 216
BsiHKAI GWGCWC 1 cut(s) 231
BsiSI CCGG 1 cut(s) 80
Bsp1286I GDGCHC 1 cut(s) 231
BspMAI CTGCAG 1 cut(s) 199
BsrI ACTGG 2 cut(s) 144, 272
Bst4CI ACNGT 2 cut(s) 56, 242
BstC8I GCNNGC 2 cut(s) 209, 213
BstEII GGTNACC 1 cut(s) 278
BstPI GGTNACC 1 cut(s) 278
BstSFI CTRYAG 1 cut(s) 195
BtsIMutI CAGTG 1 cut(s) 61
Cac8I GCNNGC 2 cut(s) 209, 213
CviAII CATG 2 cut(s) 164, 232
CviJI RGCY 2 cut(s) 64, 229
CviKI_1 RGCY 2 cut(s) 64, 229
Ecl136II GAGCTC 1 cut(s) 229
Eco24I GRGCYC 1 cut(s) 231
Eco53kI GAGCTC 1 cut(s) 229
Eco91I GGTNACC 1 cut(s) 278
EcoICRI GAGCTC 1 cut(s) 229
EcoO65I GGTNACC 1 cut(s) 278
EcoT38I GRGCYC 1 cut(s) 231
FaeI CATG 2 cut(s) 167, 235
FaiI YATR 4 cut(s) 89, 165, 225, 233
FatI CATG 2 cut(s) 163, 231
FblI GTMKAC 1 cut(s) 181
FriOI GRGCYC 1 cut(s) 231
FspBI CTAG 1 cut(s) 248
HapII CCGG 1 cut(s) 80
Hin1II CATG 2 cut(s) 167, 235
HincII GTYRAC 1 cut(s) 169
HindII GTYRAC 1 cut(s) 169
HinfI GANTC 3 cut(s) 12, 104, 157
HpaI GTTAAC 1 cut(s) 169
HpaII CCGG 1 cut(s) 80
HphI GGTGA 2 cut(s) 152, 272
Hpy166II GTNNAC 3 cut(s) 52, 169, 182
Hpy188I TCNGA 1 cut(s) 44
Hpy188III TCNNGA 2 cut(s) 16, 248
Hpy8I GTNNAC 3 cut(s) 52, 169, 182
HpyAV CCTTC 1 cut(s) 26
HpyCH4III ACNGT 2 cut(s) 56, 242
HpyCH4IV ACGT 1 cut(s) 171
HpyCH4V TGCA 1 cut(s) 197
HpySE526I ACGT 1 cut(s) 171
Hsp92II CATG 2 cut(s) 167, 235
KspAI GTTAAC 1 cut(s) 169
LpnPI CCDG 4 cut(s) 93, 125, 183, 285
MaeI CTAG 1 cut(s) 248
MaeII ACGT 1 cut(s) 171
MaeIII GTNAC 1 cut(s) 278
MboII GAAGA 2 cut(s) 31, 134
MfeI CAATTG 1 cut(s) 147
MhlI GDGCHC 1 cut(s) 231
MluCI AATT 1 cut(s) 147
MnlI CCTC 4 cut(s) 29, 107, 194, 197
MseI TTAA 2 cut(s) 132, 168
MspI CCGG 1 cut(s) 80
MunI CAATTG 1 cut(s) 147
NlaIII CATG 2 cut(s) 167, 235
NmuCI GTSAC 1 cut(s) 278
PfeI GAWTC 3 cut(s) 12, 104, 157
PshBI ATTAAT 1 cut(s) 132
Psp124BI GAGCTC 1 cut(s) 231
PspEI GGTNACC 1 cut(s) 278
PstI CTGCAG 1 cut(s) 199
SacI GAGCTC 1 cut(s) 231
SaqAI TTAA 2 cut(s) 132, 168
SduI GDGCHC 1 cut(s) 231
SetI ASST 5 cut(s) 40, 66, 174, 231, 280
SfcI CTRYAG 1 cut(s) 195
Sse9I AATT 1 cut(s) 147
SspMI CTAG 1 cut(s) 248
SstI GAGCTC 1 cut(s) 231
TaaI ACNGT 2 cut(s) 56, 242
TaiI ACGT 1 cut(s) 174
TasI AATT 1 cut(s) 147
TfiI GAWTC 3 cut(s) 12, 104, 157
Tru1I TTAA 2 cut(s) 132, 168
Tru9I TTAA 2 cut(s) 132, 168
TscAI CASTG 1 cut(s) 61
TseFI GTSAC 1 cut(s) 278
Tsp45I GTSAC 1 cut(s) 278
TspDTI ATGAA 1 cut(s) 150
TspGWI ACGGA 1 cut(s) 24
TspRI CASTG 1 cut(s) 61
VspI ATTAAT 1 cut(s) 132
XbaI TCTAGA 1 cut(s) 247
XmiI GTMKAC 1 cut(s) 181
XspI CTAG 1 cut(s) 248
Using CommOnly database (standard laboratory enzymes). Scanned on CDS sequence.